環保署表示，垃圾清除處理費多數縣市係依縣市所訂定公告之收費標準，由自來水供水機構代為徵收，自來水供水機構執行代徵作業得收取5%代徵費用，而代徵費用所需繳納之5%營業稅，係由已代徵的垃圾清除處理費中扣除支應，「民眾無須額外支付，無費用轉嫁全民疑慮」。
環保署表示，垃圾清除處理費的徵收，係基於使用者付費、污染者付費的精神徵收，以支付地方執行垃圾清理所需費用，各縣市政府得委託自來水供水機構代徵垃圾清除處理費。目前自來水供水機構向家戶代徵的垃圾清除處理費用為依各縣市政府訂定的每度水需繳納的費額收費，如縣市垃圾進掩埋場處理，每度水附徵2.9元垃圾清除處理費；垃圾進焚化廠處理，每度水附徵3.7元垃圾清除處理費。
環保署表示，目前垃圾收費徵收方式可分為三種，包括以按用水量(隨水費附徵)、按戶定額、按垃圾量(隨袋徵收)等方式。目前於自來水供水區使用自來水者，縣市政府委託自來水供水機構，以隨水費附徵方式徵收垃圾清除處理費用，而為執行徵收作業產生的代徵費用（即一般所謂手續費，為徵收清除處理費之5%）及相關應納稅費（如代徵費用之5%為營業稅），則由依各縣市收費標準代徵的垃圾清除處理費內支應，不會向民眾再額外徵收。
環保署強調，依廢棄物清理法規定，垃圾清除處理費收費標準的訂定、徵收方式的選定，屬於各縣市政府的權責，目前垃圾清除處理費係依各縣市政府依所訂定公告的標準收費，並無再額外向民眾收取代徵作業產生的營業稅費用，無費用轉嫁全民疑慮。