環保署表示高雄縣台塑仁武廠土壤及地下水污染事件，於確定土壤及地下水遭受污染後，高雄縣政府已於99年2月25日公告該廠為土壤及地下水污染控制場址在案。後續將俟該府依規定提報初步評估結果至環保署後，即依規定召開專家會議審查公告為污染整治場址，並將依法要求台塑公司負起履行污染調查、整治計畫訂定及實施義務。
環保署說，由既有調查資料顯示台塑仁武廠內地下水已遭污染，為進一步確認污染情形有無擴散，已於99年2月4日至廠外現地勘查，並已規劃於廠外設置標準監測井採集地下水水樣分析，並針對西側農地進行土壤採樣，以確實掌握廠外土壤及地下水品質，確保附近居民安全。
環保署表示高雄縣政府已於98年12月17日依土壤及地下水污染整治法（以下簡稱土污法）第7條第5項規定，命該廠於99年1月15日前採取緊急必要措施。目前該廠針對氯乙烯廠周界已完成6口地下水整治循環井全系統設置及5口抽水井設置並抽水運轉中；並規劃於氟氯烴廠鄰近後勁溪周界設置7口地下水整治循環井，藉由循環井下部抽水，輸送經過氣提塔以空氣將污染物移除，清潔地下水再由循環井上方注回，用以阻隔污染物向廠外移動擴散至場址外。
依土污法第15條第1項之規定，須為避免污染擴大或減輕污染危害，始得依控制場址或整治場址之實際狀況，命污染行為人停止作為、作業、部分或全部停工。現階段須俟該公司必要措施之執行仍無法減輕危害或污染擴大時，始得依該規定命其停工；後續依土污法第12條第3項之規定將該廠區公告為污染整治場址，並依第14條規定進行調查評估後，如有污染程度更為惡化或有擴散之情事者，仍得依前開規定命該廠停工。
該廠區地下水之1,2二氯乙烷、二氯甲烷等污染物均已遠超過管制標準，且該等污染物質均屬具有可能致癌之風險關於是否依刑法第190條之1規定「投棄、放流、排出或放逸毒物或其他有害健康之物，而污染空氣、土壤、河川或其他水體，致生公共危險者，處五年以下有期徒刑。廠商、事業場所負責人或監督策劃人員，因事業活動而犯前項之罪者，處七年以下有期徒刑」，或其他勞工安全情事，應由高雄縣政府本諸權責考量是否告發移送檢察機關。
環保署表示，為使台塑仁武廠污染事件妥善處理，已於99年3月22日行文高雄縣政府及各相關目的事業主管機關，除請高雄縣政府要求台塑公司確實執行其必要措施計畫之外，對於媒體所稱廠內相關設施龜裂滲漏造成污染之情形亦應詳加說明，俾利釐清污染結果造成之原因；並請工業局本諸權責輔導協助台塑仁武廠儘速進行污染調查及改善工作，並加強輔導善盡污染預防之注意義務；另外，請行政院農業委員會農田水利單位加強進行該地區灌溉水質監測，並督導協助該區域農作物生長情況調查工作。後續更將持續召開跨部會「台灣塑膠股份有限公司仁武廠污染案件專案小組」會議，本諸中央地方行政一體之精神，善盡維護環境安全之責任。