環保署在全國設置76個空氣品質自動監測站，均為無人駐守全自動運行。污染物分析儀每日執行標準氣體校正以及儀器運轉狀態即時監控，每週儀器預防性保養、雙週、每月、每季儀器校正及設備維護等，同時透過儀器不定期抽查及由公正第三方執行儀器功能查核等，以確保監測數據品質。這些預防性維護及管理均有嚴謹的標準作業程序，提供高品質的空氣品質監測數據。
為能提供空氣品質即時訊息供民眾參考，每小時空氣品質監測數據會在10分鐘內在環保署網站對外公布即時資訊。但為避免儀器故障產生錯誤訊息，造成不必要的困擾，環保署依據標準作業流程進行數據有效性審核，包括儀器運轉狀態是否有異常警訊、每日校正結果等，如屬儀器故障則會進行數據註記，以避免誤用。所有原始數據均保留於資料庫，供作日後查驗，並未刪除任何數據，故障儀器則即派員前往維修。
此次崙背站於106年1月3日0時0分發生懸浮微粒(PM10) 高值(238 μg/m3 ~ 6,028 μg/m3)，根據儀器流量異常警訊，維護人員赴現場檢查發現PM10儀器流量控制故障，經更換繼電器後恢復正常。依標準作業流程，儀器因流量錯誤產生異常數據，註記為無效值。雲林縣環保局張喬維副局長也澄清依當日該地空氣品質，崙背站測到破表數據確實不合理。
環保署表示，1月5日立委召開記者會時，環保署已當場澄清及說明處理過程。環保署強調監測站管理作業均依標準程序執行，且有完整紀錄，近10年監測數據可用率均超過95%以上。未來會持續強化更嚴謹的測站維護管理，提昇儀器監測效能，同時加強監測數據有效性、資料分享及資訊加值服務。