對於媒體報導環境資源部組織法草案於立法院審查時，有修正動議將林農、林產業務改由農業部掌理，民間團體質疑環境資源部（以下簡稱環資部）原先山林水土一家的政策方向正式破局，環資部籌備小組表示立法院司法及法制、社會福利及衛生環境委員會於4月10日、11日2天聯席會討論環資部組織法草案，會議審查過程中，因多位立法委員對於森林業務的歸屬表達不同看法及修正動議，爰循既有法制程序，保留交付院會審查，環資部籌備小組除尊重立法院審查結果外，並認為基於農業生產、農民服務政策規劃及輔導一體性之考量，林農、林產業務宜由農業部整合辦理，而生物及森林保育業務仍由環境資源部掌理，並無改變環境資源部規劃統合山林水土的政策。
對於民間團體希望環資部統合山林水土，以流域治理解決目前山坡地管理事權分散的問題，環資部籌備小組說明目前水、土、林及空氣等環境資源分別由不同部會掌理，規劃成立環資部，是要將大氣圈、水圈、地圈和生物圈等環境資源予以整合管理及統一事權，讓我們與後代有更好的環境品質。因此，現行行政院農業委員會（以下簡稱農委會）森林保育業務，包括農委會林務局掌理之森林、保安林經營管理，已劃歸環資部成立「森林及保育署」，以維護森林資源，達到自然保育業務一元化之功效，此並無更改。至於林產、林農相關業務，考量農業生產、農民服務政策規劃及輔導之一體性，為達事權統一之效，因此由農業部掌理。
環資部涉及原行政院環境保護署、內政部、經濟部、交通部、農委會及行政院國軍退除役官兵輔導委員會等6個部會之人員及相關業務整併，向來都是最受爭議與備受討論之部會，雖是最後一個經立法院委員會初審之組織法草案，但環資部籌備小組將秉持規劃初衷，持續推動相關立法工作，以回應民眾環資部的期盼。