中國時報9月10日刊登投書「環保署角色混淆」，因部分內容係屬誤解，本署特此澄清。
本署為環境影響評估法(以下稱環評法)的中央主管機關，依法邀請專家成立環評審查委員會，進行環境影響評估報告的審查，目的就是要站在環境保護的角度要求重大開發計畫做好環保，來達到開發兼顧環保，或否決開發以保護環境的目的。目前的爭議，是因為有些人士對個案要求的環保程度，認為應比環評委員會已經決定的要求還要再多，或主張某一開發計畫根本就應否決而不准開發的人士，因見解與環評委員會的決定不同，就主張環保署不環保，是站在開發單位這一邊，而不斷上網或報章媒體論述或上法院訴訟，從並無法律授權的領域爭論或根本上否認甚至醜化環評委員會及其以專業判斷或依職權所做決定。
環保署對於環評委員會已經通過的案子，必然是認定其已盡所能初步完成捍衛環境的任務，再輔以後續的追蹤管制以竟其功。對於開發案審查，是確信在所要求的條件下，可達無重大環境影響之虞，才會依法通過環評的。在受到外界質疑時，環保署即有義務出面說明環評委員會的認定理由；另外，環保署是環評法主管機關，對環評法的解釋遭到外界扭曲或誤解時，亦有義務解釋法律條文真意，以保障合法者。不能因為環保署履行其依法解釋的義務，就污名化為不環保、護衛財團，甚至說成不尊重司法及對抗司法。中科三期七星農場開發案既經環評審查通過，對於外界提出環評審查相關質疑，本署理當說明清楚，讓大眾瞭解，並非投書所述「親上火線變成『球員』」。
中科三期七星農場開發案對環境可能造成的不良影響及居民或相關團體關心的環境議題，本署已透過公開及讓相關權益者參與環評審查的方式嚴格把關，並已將本案所有環境影響評估審查過程與結果相關資訊公開於本署網站，供各界查閱，並非投書所稱「對於中科三期開發不利的調查資訊卻甚少公開」。本署一向致力推動環評資訊公開及公眾參與，且保護環境的立場從未改變。
另投書提及「大埔事件」，是極少部分的農民不希望土地被徵收所產生的問題，未涉環評審查爭議，一併敘明。