為配合99年2月3日土壤及地下水污染整治法（簡稱土污法）修正公布，原來徵收對象條文文字「化學物質」修正為「物質」。因此，環保署擬擴大徵收範圍，將煤、鐵礦砂、鋅、鎳、銅及廢棄物，納入土壤及地下水污染整治基金徵收的來源。
環保署表示，為預防及整治土壤地下水污染，自90年11月起依土壤及地下水污染整治法規定，向相關業者徵收土污費（目前徵收6大類125種化學物質，金額約55億），其開徵主要仿效美國超級基金（SUPER FUND），其目的係為籌措不明場址污染整治經費，因土壤地下水污染常因造成年代久遠，有不易追查之特性，雖非直接向污染者徵收（直接污染行為人另有土污法相關罰則及清理義務），而較似為特定公益目的而向特定對象徵收的費用，其性質上屬特別公課。而未來亦將隨著長期環境稅開徵規劃，再一併檢討整併，並不會所稱一隻牛剝多層皮。
依過去10年環保署調查結果，國內石油系及重金屬污染場址面積比例約1：1，而目前土污基金由石化業者繳交比例佔9成以上，和污染的現狀多有不符，石化業者多年來反應有調整土污基金徵收比例之必要。
有關報導指出土污基金目前實際支出僅佔收入28％，最主要係因土壤地下水污染的特性，牽涉整治經費龐大及整治方法複雜，通常需要詳細的規劃及調查工作，過去環保署重點工作乃在於國內各污染類型現況調查及本土整治方法建立，經多年努力，整治工作已逐步展開，去年土污基金整體支出比例已經高達63％（預算執行率99％），並將逐年增加支出費用；另新發現污染場址及依法新增底泥、健康風險評估等基金支應範疇擴大，環保署目前正合理檢討現行徵收制度，妥為籌措相關經費，因此研擬修正土污整治費收費辦法及收支保管辦法。
環保署表示，除土污基金開辦時署內提撥1億元外，至今每年尚編列約3千多萬元公務預算配合土水業務推動，另向污染者求償9千多萬元。此二辦法草案修正重點，除另同時增列各類環保基金提撥比例及縣市政府罰鍰提撥比例外，並通盤考量各類物質現在及未來可能造成的污染風險，而將一般廢棄物、事業廢棄物，依其有害、無害及行政可行性，將煤、鐵礦砂、鋅、鎳及銅等物質納入徵收範圍，並同時檢討出口退費比率，另為鼓勵業者進行污染預防措施而調整工程及保險退費得合併25％退費上限等措施。
為廣徵各界意見，環保署近期除陸續邀請相關產業公會及環保團體進行研商公聽外，如何兼顧基金徵收之公平性及避免讓業者繳費的同時有「污名化」之可能。各界如有相關建言，可於本標準草案預告期間或公聽會時提出，一齊做好環境保護工作，共同維護土壤及地下水之永續利用。