環境部說明災後已經陸續恢復自來水後，抽驗飲用水水質結果並籲請災區民眾注意飲用水衛生與安全。因馬太鞍溪堰塞湖溢流後，可能導致自來水水源濁度偏高，建議民眾注意飲用水安全，先將所有自來水徹底煮沸後再行飲用，或暫時使用包裝飲用水。
環境部表示，為因應原水水源濁度偏高狀況，已立即要求花蓮縣環保局，依據「114年飲用水管理重點稽查管制計畫」暨「災後飲用水水質抽驗標準作業程序」，針對受影響區域加強飲用水水質抽驗及宣導飲用水安全。截至9月29日，環保局已對恢復供水區、送水車及臨時取水站，加強自來水直接供水水質抽驗，共計完成 72 件，抽驗項目均符合水質標準，目前水質安全無虞。
環境部補充說明，受堰塞湖溢流影響，自來水公司為確保飲用水安全，在處理過程需增加消毒劑量使用，因此可能造成自來水略帶消毒味道。環境部強調，雖然味道較濃，如欲去除消毒水味道，建議民眾可將自來水先靜置，再經過煮沸後，再掀蓋續煮1至3分鐘，即可有效減輕消毒水味。
環境部提醒民眾，若遇停水後恢復供水時，請先打開水龍頭，讓自來水流出，收集作為沖洗馬桶等非飲用用途。若是自行引用山泉水、井水等簡易自來水用戶，務必先消毒或煮沸後再飲用，確保飲水安全。環保機關會持續監控災區飲用水水質，把關飲用水安全。