環保署於10月20日針對「高鐵車廂電磁波過高」訊息，即於當日實地進行高鐵（台北至高雄）電磁波量測，量測結果顯示，低頻電磁波檢測值介於2.1mG（毫高斯）至17.6 mG，若貼窗則介於5.5 mG至52.4mG，最大值發生於出八卦山隧道為65.1mG；而高頻電磁波檢測值介於0.00001 mW/cm2（100μW/m2）至0.0228 mW/cm2（228,000μW/m2），皆符合且遠低於歐、美、日及台灣現行的環境建議值。
環保署表示，該署於90年1月12日公告台灣「非職業場所之一般民眾於環境中暴露各頻段非游離輻射之建議值」，係參考2000年國際非游離輻射防護委員會(ICNIRP)一般民眾電磁場建議值，該建議值與歐、美、日等先進國家相當，高頻之環境建議值分別為：0.45 mW/cm2（900MHz）、0.9 mW/cm2（1800MHz）、1 mW/cm2（2GHz以上），另60Hz低頻之環境建議值為833.3mG。
環保署指出，本次檢測另針對使用手機進行電磁波量測，當高鐵行進間使用手機，未接通所測得之低頻電磁波瞬間最大值為320 mG，與背景比較約增加100倍左右，接通瞬間介於155mG至199mG間，接通後迅速降至7.1mG，而未接通所測得之高頻電磁波瞬間最大值為0.0005 mW/cm2（5,000μW/m2），與背景比較約增加50倍左右，手機接通瞬間為0.00636 mW/cm2（63,600μW/m2），與背景比較約增加600倍左右，接通後則迅速降至0.00058 mW/cm2（5,800μW/m2），故無論使用手機前後低頻或高頻電磁波都低於現行環境建議值，但仍可能會增加電磁波曝露的風險。
環保署呼籲，由該署所檢測的資料顯示，民眾可放心搭乘高鐵，但宜儘量避免使用手機，若有必要使用，亦應於接通前後儘量遠離手機。
備註：一般而言，低頻電磁波為頻率較低之電磁波（低於500kHz），其計量單位為磁通量密度（G ），如變電所、輸配電設施、高壓電塔所產生之電磁波；而高頻電磁波為頻率較高之電磁波（高於500kHz），其計量單位為功率密度（W/cm2），如基地台、雷達站所產生之電磁波。