行政院劉兆玄院長關心大發工業區空污事件，今日（15日）院會後召集經濟部及環保署等相關單位討論，並做成重要指示如下：
工業區應與附近社區和諧共生，維護良好生活環境，如遇損害賠償或敦親睦鄰之爭議應依下列原則處理：
一、一體性：無論中央或地方，政府均屬一體，應共同解決民眾遭遇之問題，法律雖有分層負責之完善設計，但中央仍應全力協助地方解決困難。
二、合法性：此次空汙事件在「公害糾紛處理法」範疇內應可完全獲致解決，環保署與高雄縣政府應協助社區居民與工業區廠商依公糾法簽訂環境保護協定，內容應涵蓋汙染防治及敦親睦鄰工作。公害糾紛處理法規定，此一協定應由事業與居民或地方政府簽訂，透過地方及中央政府居間協調，在雙方合意下完成協定。
院長也指示，由經濟部工業局促成大發工業區廠商聯誼會經由登記成為社團法人以具備簽訂協定之法律效力。登記過程同時展開與社區居民協商協定內容之工作。經濟部工業局也應就大發工業區聯合汙水處理廠，規劃污染改善工程及措施，於98年底完成設備汰換，並維持良好之操作維護。
三、通案性：村民盼對全國工業區環境品質展開總體檢，院長認為，大發工業區若歷經此次汙染事件後，簽訂環境保護協定，使生活環境品質獲得改善，將成為良好範例，未來應可推廣至其他工業區，與鄰近社區依公害糾紛處理法簽訂環境保護協定，維護良好生活環境，使全國工業區均與鄰近之社區達成和諧共生狀態。
關於明日大寮民眾北上陳情，請環保署與高雄縣政府合作，積極疏通潮寮地區民眾，將上述理念轉達，並依其要求提供環境保護協定範本供其參考，積極展開協商；並勸導民眾無需南北奔波陳情，透過既有機制及中央政府之協助，在高雄縣政府之協調處理下其訴求即可獲得解決。