有關台中縣清水鎮高美濕地遭致油污染案，係民眾於99年6月29日晚間發現清水大排出海口附近出現大片油污，並於19時28分向台中縣環保局通報，該局接獲通報後立即派員到達現場，並啟動緊急應變機制，分別於該濕地上游濱海橋附近設置3條攔油索及河面置放吸油棉，以控制油污向外擴散情形，並於6月30日清晨緊急調派清潔人員展開清除工作，現場油污已獲得阻絕圍堵。經初步估計廢油污染面積約1,000平方公尺。
環保署說，該署於6月30日已派員至現場督導應變及油污清理工作，為查證出海口外海是否遭油污污染，已請空勤總隊及海巡單位協助於空中及海面查察，未發現有油污散布情形，目前高美溼地南邊部分雲林莞草生育地及米粉寮出口處濕地仍沾有油污。至於河道內殘餘油污，台中縣政府已協調國軍第十軍團支援工兵協助清理，預計於今日內可清理完成。另為協助台中縣環保局追查污染源，環保署環境督察總隊派員沿清水大排堤防道路勘查至濱海橋上游，發現疑似廢油傾倒點，因附近無相關工廠，初步排除因工廠洩漏引起污染，疑為不肖業者非法傾倒廢油所致，台中縣環保局已請警政單位調閱監視錄影畫面，針對可疑槽車進行過濾。另該局已採集廢油樣品送驗，以利研判油品種類，作為後續追查污染源之參據。
環保署表示，將持續協助台中縣環保局追查污染源，並儘速完成清理及善後工作，以維護高美濕地生態環境。另環保署再強調，若未依規定貯存、清除、處理廢棄物，依據廢棄物清理法規定，最重可處1年以上5年以下有期徒刑，得併科新臺幣300萬元以下罰金，除呼籲業者不要以身試法，也請民眾若發現有油污染事件，可充分利用全國環保公害陳情免付費專線：0800-066666立即舉發，環保單位會儘速派員前往處理，以避免污染擴大而影響當地環境。