公民營廢棄物清除處理機構申請許可案件收費標準於91年1月2日訂定發布，後續於95年8月11日修正，鑑於物價指數調整、審查程序與人力需求成本逐年增加，另地方政府亦反映收費價格已不敷審查使用，因此，環境部檢討修正現行收費基準，使審查費用收取更臻合理化。
環境部說明修正重點如下：
一、依據實際辦理費用成本及物價指數變動情形，修正公民營廢棄物清除處理機構申請同意設置文件、試運轉計畫核准及各種許可證之核發、展延及變更之審查費費額。
二、考量公民營廢棄物清除機構之清除許可量減少者，未涉及申請文件之實質審查，爰新增為得免繳納審查費情形之一。
三、公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法已無清理機構，爰刪除清理機構相關規定，並統一機關名詞為核發機關。
有關本次修正發布相關資料，請參閱附加檔案，或於發布日起3日後至行政院公報資訊網（網址：https://gazette.nat.gov.tw/egFront/index.do）下載。