為追求小琉球水清生活環境與水域生態，環保署斥資新臺幣1,013萬元補助屏東縣政府，推動設置琉球鄉老人會館聚落式污水處理設施，將小琉球白沙觀光碼頭老人會館附近的本福村民生排水污染進行處理，設置每日最大處理630公噸的地下式聚落處理，處理約4,700人的生活污染排水，達到污染削減的目的。
該處理設施每日削減22公斤懸浮固體與約53.3公斤的有機污染物，使得髒水變乾淨的水。106年4月驗收啟用，雖然處理設施小，但處理成果受到當地民眾支持與肯定。
環保署再於107年補助屏東縣政府續辦「屏東縣琉球鄉杉板灣及中澳沙灘聚落式污水處理設施工程規劃設計計畫」，已完成規劃與細部設計。預定於杉板灣及中澳沙灘各設置每日處理水量650公噸及700公噸之聚落式污水處理設施，期以仿造琉球鄉老人會館聚落式生活廢污水截流處理設施模式，建造一個能將生活廢污水處理至能放流或再利用之水域生態環境。該工程總經費為4,950萬元，已爭取前瞻基礎建設經費，以維持水清水美的小琉球。