莫拉克颱風期間，豪雨造成屏東縣林邊鄉大部分地區嚴重淹水，而且消退緩慢，幾乎是此次水災積水消退最晚的鄉鎮。尤其鄉公所週邊是積水極為嚴重地區，八月十五日前仍積水不退，而積水退去地區，道路滿是泥濘，厚厚的淤泥及民眾排出的家戶泡水廢棄物都亟待清理。八月十四日行政院前進指揮所，督導環保署召集的屏東縣海邊地區中央部會服務小組(簡稱中央部會屏海服務小組)，除調度沖吸兩用清溝車，清除側溝淤泥阻塞，加速積水消退外，並協調整合各單位近日加強調度進駐當地清理環境的救災資源(包括環保署、衛生署、國防部、內政部、青輔會、屏東縣及其他縣市政府及民間業者等)，與鄉公所及十個村完成編組，第一時間共同進入積水已退地區，全面展開清理整頓家園的工作。
為了協助林邊受災地區民眾儘速恢復居家清潔，避免災後環境髒亂引起流行病，中央部會屏海服務小組將近日進駐的機具、車輛、人力等資源，整合調度分配給每一村足夠的人力、車輛與機具，並作適當佈署。目前投入約3,000人、33台小山貓及125部鏟裝機、怪手、車輛等各型機具，林邊鄉10個淹水的村（包括永樂村、仁和村、中林村、光鄰村、林邊村、田厝村、崎峰村、水利村、竹林村、鎮安村）同時展開清理工作。每村均由國軍指派一名指揮官統一指揮調度，由最熱心及最了解地方的村長引導進駐之機具、車輛及人員，執行每一村的清理工作，另由鄉公所及環保局派員執行督導。
為了加速清除效率，林邊鄉已就近尋找適當地點作為轉運站。以日間短程集中，夜間長程清運的方式，將民眾自家戶排出於街道上的廢棄物及淤泥，以機械裝入小卡車中，移離街道，日間統一集中堆置於轉運站，並進行適當的消毒，夜間再由大型卡車裝載，運送到掩埋場或焚化廠處理。如此可避開日間交通尖峰，大幅提升清運速率，有助於加速恢復街道的清潔。
八月十四日鄉公所周邊積水仍未退，中央部會屏海服務小組的環保署同仁，於積水消退到可進入車輛的高度時，調度進駐二部沖吸兩用清溝車，執行道路側溝淤泥清除工作，發現疏通側溝的阻塞後，街道積水消退速度大增。因此八月十五日已將進駐的清溝車增加到七部，以加速積水之消退。水退地區的廢棄物及污泥清除工作，預計3至5個工作日完成，依國軍及各地進駐志工人員協助家戶清出淹水損壞家具及物件的速度而定。清理完成地區，由環保與衛生單位攜手立即進行戶內、外的環境消毒工作。