護水大作戰！環保署自97年起將分4年挹注2億元以上經費針對曾文水庫、石門水庫、翡翠水庫及金門湖庫等4處水庫，結合經濟部水利署「水庫集水區保育綱要」計畫，推動水庫集水區水質保護工作。
環保署說，曾文水庫等4座水庫提供了950萬人的飲用水來源，占全台3/7人口比例。造成水庫水質惡化的污染來源，有居民廚房、浴廁的生活污水的污染、餐飲及旅館廢水等點源污染，尚有因暴雨沖刷農田、市鎮或道路逕流排入水庫的面源污染，這些污染未經處理排入水庫，都會造成水庫營養鹽濃度升高，藻類滋生。
以翡翠水庫為例，有28﹪污染量為生活污水等點污染源、72﹪為非點污染源，該區污水下水道系統處理率39﹪，許多入庫溪流如金瓜寮溪、魚逮魚堀溪等水質雖屬未受污染程度，但仍未達到甲類地面水體水質標準的目標；依環保署96年委託檢測資料顯示，在暴雨初期，北勢溪坪林排水、坪林拱橋附近排水、金瓜寮溪金溪一號橋排水、魚逮魚堀溪大林橋排水的氮磷仍有高於水質標準的情形。因此，環保署與經濟部水利署台北水源特定區管理局合作在污水下水道未及地區，針對金瓜寮溪、魚逮魚堀溪及坪林市街等未處理的生活污水及暴雨沖刷產生的非點源污染採以滯留池、緩衝帶及人工溼地等方法削減污染。
就石門水庫集水區而言，除三民村已建有二級污水處理場外、澤仁村計畫設置污水處理系統外，其他並無污水下水道系統的建設，鑒於水源區人口較為分散，以集中式的污水下水道系統處理，經濟效益較低。環保署說，已與經濟部水利署北區水資源局合作對於石門水庫集水區內的龍珠灣、百吉、及羅浮村等遊憩及聚落人口較密集地區，評估設置聚落式污水處理設施或獨立式污水理設施處理污水，以確保水庫水質。
另外，曾文水庫集水區的污染削減，環保署已補助嘉義縣政府辦理嘉義自來水集水區污染調查、削減規劃及細部設計計畫，針對生活污水及晴天累積在地表和土壤中的營養鹽而在降雨時透過暴雨沖刷產生的非點污染源，進行聚落排水的處理，規劃處理阿里山鄉山美村的生活排水、竹崎鄉內埔村的市鎮、市場排水及附近的農業排水等。另外，基於環保署委託研究指出貝（蜆）類對於藻類的濾食性佳的成果，環保署也有意在金門湖庫等水深較淺的水庫進行試驗，以減緩水庫優養化情形。
環保署為了保護翡翠水庫水質並減少非點源污染的貢獻，已完成製作新店溪上游「農業非點源污染控制技術執行手冊」，並完成3場宣導新店溪上游農民採行最佳管理控制措施，大雨來不施肥、適量施肥、農藥罐不亂丟、種植草溝、草帶、山邊溝等方法9種方法，約有140位農民參加。同時，環保署又補助地方政府完成3處共2.67公頃緩衝帶及溼地，削減鄰近茶園、社區排水的污染。