高科技產業廢水所含污染物項目繁多，環保署已經注意到了。環保署為保障國民生活環境，維護民眾安全，自民國95年起，即開始進行高科技產業廢水特性及特殊污染物污染來源展開長期性的調查。探討高科技產業製程，所使用的化學品種類及使用量，廢水來源及特性，並探討適當的管制方式。目前已針對半導體製造、TFT-LCD製造、LED製造、太陽能電池製造、製藥生技等高科技產業調查。
環保署表示，目前雖然尚未訂定放流水標準，但該署已與相關業者協商，要求業者在未定訂標準前，採取自主管理，透過源頭減量等方式，減少特殊污染物排放，並自我監測，以免突發事件，造成環境污染。
對高科技產業廢水的管理，環保署研擬管制方向有（一）訂定週平均值管理方式，以較長期之水質狀況反映真實水質情形；（二）建立「放流水生物毒性監測試規定」，要求業者自行監測生物毒性，並依法申報；（三）建立總毒性有機物（TTO）管制標準，因應高科技產業廢水污染物微量但多樣的特性；（四）持續調查高科技產業廢水特性，並檢討適當管制方式；（五）持續要求業者自主管理，透過源頭減量等方式，降低特殊污染物排放量。
環保署說，政府各機關對新興污染物廢水可能造成的污染極為重視。除研訂高科技產業管制標準、管理制度外，也進行水產品的檢驗。水產品上市前檢測指標污染物含量，如發現污染物含量超過食用標準，則予以銷毀，防止有問題的水產品上市。環保署不會放任任何業者污染環境。