嘉南大圳為鹽水溪支流，原主要功能為農田水利灌溉排放渠道。但因時代變遷，此項功能已逐漸喪失，取而代之的是工業廢水與生活污水大量排入。大圳承受本已嚴重污染的鹽水溪水流，而流入台南市後，更因位於安南區和順工業區內工廠廢水直接排入，造成水質急遽惡化長久為民眾所詬病。
有鑑於此，環保署自94年起即將該工業區列為重點稽查管制區，積極介入該區污染取締工作，統計南區督察大隊，本（96）年自1月至11月底計稽查410廠次，查獲違反環保法規告發116廠，移送法辦2廠，勒令停工2廠，自行歇業1廠。在近3年的管制下，河川已不見往昔常見的污水橫流情景，反而可見魚兒水中游情形。
環保署表示，為消弭污染，已針對嘉南大圳訂定有專案稽查計畫，並與台南市政府及台南地檢警配合，有效打擊環保犯罪。該署呼籲事業單位應妥善維護操作廢水處理設施，不容許有偷排廢水、非法棄置等行為；民眾若發現有污染情事，也請立即向當地環保局或環保署舉發（公害陳情專線：0800-066666），環保單位將立即派員前往稽查遏止污染情事。