環保署「中部科學工業園區第四期(二林園區)開發計畫環境影響說明書」環評初審專案小組獲致「有條件通過環評審查」之共識建議，所列15項條件是針對外界擔心疑慮開發會帶來的不良影響事項作成具體回應，要求開發單位採取最嚴格的標準來防範開發行為對環境的可能影響。10月13及14日「環境報導」網站發布朱淑娟女士報導，以一連串「環評結論打迷糊帳」、「污染掌控方式尚未釐清」、「REACH精神只學半套」、「環保署官員頻交耳」、「主席向副署長求救」、「專重環評專業個屁」等不實、聳動字眼，批評抹黑本案初審專案小組的專業性與公正性，嚴重扭曲與污衊環評專案小組半年來經歷十餘次會議審查的努力成果，環保署嚴重譴責上述內容失實的報導。
環保署認為，文字報導者應有其專業性與道德感，重點在充分了解並完整描述事實內容以公諸大眾知悉，而非基於個人預設立場，僅摘錄部分會議細節，任意添加臆測、猜疑、影射的描述，刻意倒因為果、模糊報導，以影響外界視聽，污衊環評委員及專家學者(其中包括環保團體於本案所推薦其信任之專家)，扭曲事實結果。此外，朱女士亦未遵守環評初審程序中開放媒體旁聽的約定，環保署尊重各新聞記者採訪及知的權利，但請協助維持環評委員的獨立自主性，不可將委員、專家學者內部討論時的發言內容及姓名對外公開。然朱女士卻無節制地發表不應對外公開的環評委員姓名及發言。
有關朱女士污衊環保署：「為了討好又不願負責任，發明這種『什麼方案都可以』的審查結論」，環保署前已一再強調，環評法雖授權環保署可以否決有重大環境影響的開發計畫，但環評審查結論亦可容許環境影響相當且可接受的數個替代方案通過環評審查。中科四期環評初審專家及委員已獲致各放流方案應採行之減輕對策共識，且未認為某一廢水排放替代方案的環境影響重大，不應採用，所以沒有排除其中任何一個替代方案，並建議最後方案之選定將留待發給許可的目的事業主管機關，綜合考量其他各方因素之後，再行決定。朱女士所提：「消息指出，未來環評審查還有可能取消否決權」，是不符現行環評法規定，無所憑據的報導。
朱女士對會議共識逐一提出「打迷糊帳」的質疑，是在未清楚了解共識內容及開發評估背景資料的情形下所作出的評論，不管是「廢水究竟排放那？」、「海洋放流的條件」都在條件1中列明，例如：初、中期廢水量6萬CMD以下，得排放至舊濁水溪或濁水溪之河口潮間帶低潮線以下，後期…牡蠣體內銅檢測濃度值超過100mg/kg濕重，應以海洋放流管排放。再者，朱女士提出，放流水排放至舊濁水溪之位置延伸至河口後，離養殖區更近」並摘錄導電度影響的評論，來影射環評審查的專業性不足，然就環工專業角度而言，其論述是不正確的。本案經要求採取減輕對策處理過的放流水以專管排放至河岸其實已可達到環保之目的，之所以會再有要求以專管自河岸延伸至河口潮間帶低潮線以下排放的建議，係考量以海水的稀釋作用完全排除外界對於舊濁水溪蚵田養殖，以及濁水溪沿岸高灘地農作灌溉影響的疑慮所致。其中，舊濁水溪放流延伸至河口後，海洋的經常稀釋即可去除乾季河川水量低造成河床累積高濃度污染物集中短時間衝擊蚵田養殖的疑慮；而濁水溪放流延伸至河口後，可完全避開沿岸高灘地農作灌溉區域，自然就沒有放流水的高導電度會影響作物的疑慮。
此外，朱女士提到「多項污染掌控方式尚未釐清」部分，所提出項目，如化學品管制、廢水污染影響、空氣污染、健康風險、水資源分配等，每一項都可以在共識條件中找到對應之具體管制措施，試問何來「尚未釐清」的情形？再者，朱女士「REACH精神只學半套」的說法，是摘錄會中某委員於討論過程發言的內容，然專案小組就是基於該委員發言內容，於共識條件第12點中，已明確要求進駐廠商應與全世界最為嚴格的歐盟REACH制度完整接軌，進行化學品管理，非僅要求申報及登錄化學品而已。此為歷來環評結論中，要求最為前瞻的管制措施，解除環保團體近來「以十九世紀法令管理二十一世紀科學園區」的疑慮，試問何來「只學半套」之有？朱女士未釐清會議進行前後次序與結論內容，做出如此報導，環保署表示遺憾。
至於朱女士質疑為何本案以「延續會議」方式召開，並誤導「旁聽要點」制約民眾發言權利乙節，本案原於10月5日召開第5次專案小組初審會議，因部分申請旁聽團體居民不遵守秩序，干擾會議進行，導致初審議程尚未完成，才會在10月13日召開延續會議，繼續未完成的議事程序，且環保署仍安排適當旁聽席供旁聽代表旁聽。此外，環保署公告之環評旁聽要點明訂：「初審會議...無法於第1次會議完成之開發案件，其後舉行該開發案件之同項會議不再受理旁聽人員登記發言」，旁聽要點自98年2月17日公告日起就適用於所有環評審查會議之旁聽作業，非專為本案而訂定。再者，延續會議亦非首例，本案、中油三輕、大林電廠等環評審查案均有召開延續會議的例子，然朱女士卻仍以「奇怪」來形容前述會議的處置方式，留給外界想像空間。另有關質疑為何在內部討論時，主席要求列席機關離席乙節，乃基於會中列席機關代表於內部討論前已將意見充分表達，並考量過去利害相關者於初審會中發言干擾委員而無法理性討論的經驗，故作成僅由委員、專家學者內部討論的議事決定。至於延續會議中，環保署為維持會議秩序所採行相關措施，如規範旁聽位置、立委助理身份確定、署內首長協助控管等，均以達成「維持環評委員獨立審查環境」的基本要求，使延續會議得以順利進行，但朱女士卻藉以污衊環保署首長為維持秩序所作的努力，環保署嚴重譴責該等不當言論。
最後，朱女士反諷建議審查結論提出過程「不是一時三刻做得出來」、「非常有效率地打好字」等等懷疑的言論，企圖引導外界質疑環評過程的公正性，環保署表示，審查共識是在歷次初審及專家會議中，彙整各方審查意見，陸續獲得之共識內容，最後環保署幕僚作業整體書面文字宣讀，俾使專案小組再次確認及修改，以確保其正確性與完整性，是環評審查合理的程序，朱女士任意污衊已無所不用。
綜上，環保署繼續呼籲各方將環評審查回歸環境保護的專業考量，維持環評委員獨立審查的空間，歡迎各界關心人士以各種方式參與提出質疑及建議，作為環評委員審議參採之依據，使環評充分發揮其預防或減輕開發行為對環境造成不良影響的功能。環保署不願見到一方面期望環保署及環評委員獨立公正客觀的審查，又一再抹黑汙衊環保署及環評委員，來斲喪環評制度的公信力。