環保署為瞭解東沙島海域水質狀況，於98年4度遠赴當地進行監測調查，結果顯示東沙島海域水質純淨，屬於未受人為污染之海域，可作為我國環境海域水質背景資料，（監測結果如附表一），其中氨氮、總磷平均值皆低於台灣南部海域測值平均值；環保署也利用水下攝影，拍攝到東沙島豐富且珍貴的多樣性生物（如附表二）。
東沙島位距台灣400公里的南方海域，是我國唯一發育完整的環礁地形，藍天碧海、物種豐富，自古有「南海明珠」、「南海之珠」的美譽，目前屬於海洋國家公園管理處保育範圍。
環保署表示，該署98年4至10月分4次，於東沙島環礁大潟湖及小潟湖共11個測點（如附表三），進行水溫、溶氧、酸鹼度、鹽度、懸浮固體、生化需氧量、氨氮、總磷、大腸桿菌群、葉綠素a及矽酸鹽等11項監測。
東沙島環礁大潟湖所有測值皆符合甲類海域海洋環境品質標準，且氨氮、總磷等營養鹽數據低於台灣南部海域本年度平均值（氨氮為0.024mg/L、磷酸鹽為0.017mg/L）；陸域小潟湖則展現當地特性，懸浮固體、生化需氧量、矽酸鹽、總磷等測值較環礁大潟湖為高，應為潟湖封閉水體與海域循環交換不良，鳥類、水中生物活動代謝造成。