工欲善其事，必先利其器！要有良好的環保設施，才能提升其污染防治功效，否則將成為英雄無用武之地，環保署為提升環保設施工程品質，使其達到預定的污染防治功能，自95年以來成立「工程品質查核小組」，積極輔導及查核該署補助的環保設施工程，要求各工程主辦機關、監造單位及承包商，做好環保設施工程三級品質管制，並以「標準化、專業化、系統化」的方式嚴格執行查核，執行以來績效良好。
環保署表示，該查核小組已建立多項積極作為，如（一）自95年至本(98)年9月共完成269場次工程品質查核，其中甲等場次57件占21%，乙等場次201件占75%，丙等場次11件占4%。（二）自96年度起依據行政院公共工程委員會頒布之「查核結果品質缺失懲罰性違約金機制」，嚴格執行工程查核缺失扣點，至本(98)年9月總扣點為2,162點。（三）所有查核案件皆逐案列管並追蹤缺失改善至結案，並針對逾期提送缺失改善資料者，要求依「工程施工查核小組作業辦法」予以懲處。（四）查核成績屬丙等的工程，要求主辦機關、監造單位及承包商至該署公共建設推動會報進行專案報告，並由查核小組召集人張副署長子敬親自主持，以積極掌握該工程後續改善措施與對策。（五）針對工程品質不佳案，積極辦理複查工作，並持續監督。（六）加強施工階段追蹤並定期抽查工程執行進度。（七）訂定「施工查核品質獎懲作業要點」，激勵工程主辦機關積極辦理環保設施相關工程，針對品質不佳的工程，其相關人員予以嚴懲，以達獎優懲劣。
環保工程多數亦屬於鄰避設施，設置過程民眾常有抗爭的情事發生，該等工程在興建過程如未能掌握施工品質，勢必影響往後的營運操作，此結果將更增加民眾的不安，因此環保署呼籲工程主辦機關、監造單位及承包商，務必依規定建立三級工程品質管理制度，落實品質督導及品管自主檢查等措施，該署亦將持續加強工程輔導、督導及查核，建置中央與地方「平時督導、事前輔導、確實稽核、積極改善及後續追蹤」的工程查核互動平台，藉由中央與地方攜手合作提升施工品質，共創優質環保設施，提升污染防治績效，為人民創造人本、優質、永續的美好生活環境。