台灣河川管轄中，中央管河川24水系、縣市管河川91水系。前者於民國70年台灣省水污染防治所研究劃定水區，並自71年起陸續公告各主要河川劃定的水區及水體分類，歷經20多年，各主要河川利用狀況已有所變化，環保署經過1年研究，研擬新增水區及修訂水體分類。
修訂主要針對中央管的24條水系，另加上淡水河流域，一共25條水系，就各水系現況進行基本資料、水資源利用、各種利用用途、用水量及水權量、用水水質狀況等加以充分調查，依現在及未來的用途檢討，並逐條水系提出檢討結果。
經咨詢委員會討論， 25個河川水區水體分類建議變更者共10個水區；河段變更共2個水區；水區河段新劃分共3個水區。統計原來劃訂的25個水區，河段用途分類經檢討後，分類升級者共計3河段；降級者共計8河段。統計新劃訂3個水區，屬乙類水體共6個河段；屬丁類水體共2個河段，並於近期辦理公聽程序，以符合水體用途現況及需求。