環保署為展現遏止屏東縣武洛溪流域污染問題之決心，已承諾提撥經費補助屏東縣政府研提「武洛溪流域水質改善污染削減計畫」，另該署南區環境督察大隊將持續不定期的加強取締，嚴懲不法，一旦發現違規情節重大者，將依法責成地方主管機關命令其停工或停業，必要時，廢止其排放許可證。該署表示類似案件已查緝多起，且經移送後經法院判刑確定，相關案例均顯示環保署有效打擊非法業者污染環境之決心。
武洛溪為高屏溪下游支流，流域面積54.2平方公里，流經區域包括屏東縣九如、里港、鹽埔、長治等四鄉鎮，區域內人口數約10萬人，排水幹線長23.6公里。主要污染源為畜牧業，97年養豬約50萬頭，畜牧廢水佔該流域污染量比例非常高，而歷年流域水質（RPI）皆屬中度污染至嚴重污染。該區域屏東縣政府共計列管389家事業單位，其中以畜牧業310家，佔總列管數80％為最大宗。
環保署表示武洛溪流域污染經該署不定期會同屏東縣環保局及環保警察隊，執行該流域重大列管事業聯合稽查勤務，96年5月間查獲長治鄉某畜牧公司重大違法排放廢水，經屏東縣政府處以勒令停養處分，該公司98.02.28已確實執行停養並出清豬隻約6萬頭。此外，98.03.12再查獲九如鄉另一皮革廠未遵守停工命令，擅自違法復工，予以移送法辦。據了解該皮革廠位處武洛溪畔，自95年起前後計被查獲4次以暗管排放廢水，被告發取締7次，累計罰鍰240萬元，於96.06.21被屏東縣政府處以勒令停工處分。停工期間該廠仍罔顧法令繼續作業，在環保人員鍥而不捨稽查下遭查獲，其已違反水污染防治法第38條之規定，該廠不遵守主管機關依法所為停工之命令，可處負責人一年以下有期徒刑。