全國養2,000頭豬以下的小型畜牧場占93.8%，沒有足夠誘因自行設置厭氧發酵及沼氣發電設備，環保署為了要讓小型畜牧場畜牧糞尿能夠資源化利用，削減排放到河川的污染、清淨空氣的品質，對於大型畜牧業擴大設置厭氧發酵及沼氣發電設備，來收集處理2,000頭豬以下小型畜牧場的畜牧糞尿，且資源利用率75%以上者，該署將補助推動。
補助計畫將於近日下達生效。對於大型畜牧業擴大設置厭氧發酵及沼氣發電設備者，每集運處理小型畜牧場200頭豬的糞尿，環保署將補助100萬元給地方政府協助畜牧業、與畜牧業合作的技術業、社會團體或財團法人，來設置厭氧及發電、集運處理、資源利用的設備以及建置運作的體系。
協助小型畜牧場收集處理的養豬頭數越多，補助也越多。每案計畫補助金額最高達新臺幣5,000萬元，依縣市財力分級不同，環保署最高可補助到3,500萬元。但是，大型畜牧業如果僅設置厭氧發酵及沼氣發電設備，但未集運處理小型畜牧場之畜牧糞尿，則不予補助。
畜牧糞尿資源化利用有三種途徑：一是厭氧發酵沼氣用來發電，沼渣沼液作為農地肥分使用；二是畜牧糞尿依農業事業廢棄物再利用管理辦法進行再利用；三是經處理至符合放流水標準，經水污染防治許可核准後，放流水作為澆灌之水資源利用。畜牧糞尿做資源化利用的部分，不須繳納水污染防治費，並且資源利用率高者優先補助。另環保署補助經費中，可用以購置槽車、建置輸送管線、及畜牧場間之貯存收集槽。
此外，申請補助條件包括購置之設備應為本計畫生效後購置之新品，或本計畫生效前取得經濟部沼氣發電系統推廣計畫補助作業要點核定補助後購置之新品；畜牧糞尿貯槽或沉澱濃縮槽應加蓋密閉，並以管線輸送處理；設置之厭氧發酵設備有排出沼液沼渣之功能，以避免臭味逸散，並有利於資源利用。
環保署初步估計107年至108年共投入新臺幣2億元辦理補助，預計集運處理4萬頭豬糞尿，每年發電200萬度、減少4萬公噸二氧化碳當量，及有機污染量110萬公斤。即日起有意願參與的畜牧業、或與畜牧業合作的技術業、社會團體或財團法人，請洽當地地方政府或該署辦理。
至於飼養牛者，環保署亦參照前述飼養豬隻補助情形，每集運處理小型畜牧場50頭牛的糞尿，補助案件金額100萬元給地方政府協助設置集運處理、資源利用的設備以及建置運作的體系。因經費有限，環保署呼籲有意願者，要注意公告申請時間把握機會申請。