莫拉克颱風侵襲台灣期間，在沿海計有5艘船舶發生船難，環保署及地方政府於船難發生後，立即啟動海洋污染緊急應變機制，目前除VOGO-2拖船有輕微柴油洩漏外，其他各船均無洩漏之虞，尚無重大油污染情事。
各船舶處理情形說明如下：
一、W-O BUDMO油輪：該輪載有100噸重油及70噸柴油，8月7日擱淺於屏東縣車城鄉後灣區域海生館南方約1公里處，無洩漏情形。由於該處砂岩岸交雜，為預防海洋油污染發生，環保署立即於當日晚間成立中央油污染緊急應變中心應變，屏東縣環保局及海巡署也於當日進駐監控。船東已於11日下午開始抽除船上殘油，預計4日內可完成殘油抽除。
二、VOGO-1及VOGO-2拖船，分別載運121噸及111噸柴油，8月7日擱淺於屏東縣枋山鄉及海口港。VOGO-1無洩漏，VOGO-2有輕微柴油洩漏，屏東縣環保局也立即成立緊急應變中心，採取緊急應變措施。這二艘船也就近納入環保署緊急應變中心應變，並持續監控中。
三、「百利」散裝貨輪：該輪載有燃料重油441噸及柴油140噸，目前擱淺於高雄縣永安天然氣工業港南方之二仁溪出海口附近沙灘，無洩漏情形。高雄縣環保局及海巡署已進駐監控中，並要求船東佈設攔油索及採取必要污染防治措施。
四、ZD TOPOINT化學輪：該輪載有重油73噸及柴油140噸，擱淺於高雄旗津海水浴場附近砂灘，船體結構完整，無洩漏情形，由高雄市海洋局監控中，並要求船東立即佈放攔油索戒備。
環保署表示，目前擱淺的5艘船，均在監控下，尚不會造成海洋油污染事件，該署及地方政府持續進行海洋污染緊急應變，督促船東採取應變措施，於最短時間內完成抽油工作，避免油污外洩，污染海岸。