環保署為務實廢棄物輸入輸出管理，提昇相關申請審查作業效能，於97年6月26日預告「廢棄物輸入輸出過境轉口管理辦法」修正草案，詳載於環保署網站（網址：http://w3.epa.gov.tw/epalaw）「法規命令草案預告區」網頁。對於公告內容有任何意見或修正建議者，請於公告刊登公報之日起14日內陳述意見。
環保署表示，為妥善管理廢棄物輸入輸出，依廢棄物清理法第38條規定，於92年1月2日訂定發布「廢棄物輸入輸出過境轉口管理辦法」，並於94年1月5日修正發布第4、6、8、11、13、24、25及28條條文，刪除第26條，增訂26條之1，惟於實際管理上，仍有部分爭議尚待釐清之處，經全盤檢討後，提出「廢棄物輸入輸出過境轉口管理辦法」修正草案。修正要點包括：
一、釐清保稅倉庫、物流中心、保稅工廠、農業科技園區事業、自由港區事業與國內課稅區間內之廢棄物運輸，非屬輸入、輸出行為（修正條文第3條）。
二、增列「五年內之申請者親赴接受國處理廠(場)實地勘查處理能力與營運情形之報告書，並切結保證報告內容屬實」，確保輸出廢棄物能有妥善境外處理（修正條文第12條）。
三、明訂廢棄物輸入/輸出許可審查期限、疑義處理、首次申請之定義及限制（修正條文第6條及第14條）。
四、將違法輸入/輸出行為依一般事業廢棄物或有害廢棄物分別規定其次數（修正條文第7條及第16條）。
五、增列「二年內輸入許可曾遭撤銷者」為主管機關不得核發輸入許可文件（修正條文第7條及第16條）。
六、明定未經許可輸入之廢棄物，一律限期退運，海關不得沒入或受理放棄之申請。拒不退運出口者，以棄置廢棄物論處（修正條文第11條）。
七、明訂廢棄物輸出許可首次申請之定義及限制（修正條文第15條）。
八、增加主管機關駁回申請書件之條件，避免一再補正之延宕（修正條文第28條）。
九、考量撤銷與廢止之要件不同，故將原第二十八條第一項第二款屬撤銷之條文另行規定，並明訂國外文件是否為虛偽文件之範疇（修正條文第三十一條）。
十、海關對已核發許可者有廢棄物管理疑義時，由原核發許可之主管機關認定（修正條文第33條）。
十一、明定與我國簽有雙邊協定國家之廢棄物輸入輸出，應優先依據協定辦理（修正條文第36條）。
十二、規範輸入、輸出廢棄物樣品供學術研究、研發相關清理技術，得專案向中央主管機關申請許可（修正條文第38條）。