環保署「中部科學工業園區第四期(二林園區)開發計畫環境影響說明書」環評專案小組初審所獲致之廢水排放共識，係基於保護人體健康、不影響農業灌溉及沿海養殖等3大前提下，除訂定環評歷來審查最嚴格放流水管制限值外，並規範初、中期低於每日6萬公噸的放流水，不管採何種放流方案，都需以專管延伸至河口潮間帶低潮線以下排放，將來有牡蠣體內檢測銅濃度值超過100mg/kg濕重的情形，則應採行海洋放流管排放，以確保牡蠣不受影響。
環保署表示，10月14日自由時報刊載「廢水環評初審過關 雲彰人擴大抗爭」乙文引述：「某立委以『荒謬』二字形容環評過程」乙節，有誤導民眾的可能，有說明澄清之必要。環境影響評估係將開發行為對環境可能造成的不良影響，進行科學事實確認的風險評估工作，中科管理局原提出之放流方案，不管是從舊濁水溪三和制水閘下游，或由濁水溪自強大橋排放，經採行環評審查獲致共識之環境減輕對策後，均屬環境影響可接受之方案，惟環評專案小組考量外界對於舊濁水溪下游海口潮間帶蚵田養殖，以及濁水溪下游沿岸高灘地農作灌溉之影響疑慮，故提出不管採何種放流方案，都需以專管延伸至河口潮間帶低潮線以下排放的建議。然某立委以「荒謬」二字形容為兼顧環保專業與民眾觀感之環評初審作業，環保署表示不解與遺憾。
至於10月14日中國時報刊載「中科4期闖關 雲縣轟環評審查」乙文引述：「某立委及代表蘇治芬縣長與會的縣府官員...痛批會議淪為『彰化與中科的幕僚單位』」乙文，是明顯的政治語言，扭曲環評委員基於環保專業為維護權益相關者努力的結果。環保署呼籲各方應將環評審查回歸環保專業考量，確實做好環境污染把關工作。