針對大寮空污事件，環保署1月20日再度召開「公害糾紛督導處理小組會議」，就1月18日大寮鄉潮寮村民在大發工業區聯合污水處理廠陳情抗議，引發破壞廠房及傷人事件之後續處理原則進行討論，與會人員包括該小組委員（包括：內政部、法務部、經濟部、交通部、行政院新聞局、行政院衛生署、行政院農業委員會、行政院勞工委員會及行政院環境保護署等機關之副首長），並邀請教育部、內政部警政署及高雄縣政府列席。
環保署表示，該會議經出席之各部會代表充分討論後，獲致結論如下：
一、有關98年1月18日少數民眾在陳情抗議活動中之破壞行為，並造成部分設施損毀及人員受傷部分，請內政部及法務部督導地方檢調及警察單位積極予以查處。
二、民眾的訴求應予以回應，依公害糾紛處理法，紓處屬地方政府之權責，請高雄縣政府主動協調，本署全力協助；另請高雄縣政府舉辦說明會，務必向三村（潮寮、過溪、會結）村民說明公害糾紛處理法程序，本次事件應回歸法制及專業之原則處理，不需以抗爭方式爭取。
三、大發工業區污水處理廠遷廠與否或替代方案，請工業局持續跟縣府保持聯繫，並將評估結果納入環境保護協定。
四、有關受害嚴重師生每人賠償金30萬元部分，請高雄縣政府協助依公害糾紛處理法紓處、調處程序順利進行。
五、有關村民每人10萬元補償部分，請高雄縣政府主導大發工業區廠商聯誼會及村民代表協商簽訂環境保護協定。
六、有關污染改善部分，現階段完成後，相關新措施（如設置環境監測中心、補助巡守隊之運作、敦親睦鄰、廠商應自動申報意外事故及建立應變系統）會納入環境保護協定，建立一透明化整合式全區之污染管制系統，讓村民及巡守隊參與監控，以建立資訊公開，公眾參與之做法。