公民營廢棄物清除處理機構申請許可案件收費標準於91年1月2日訂定發布，後續於95年8月11日修正，鑑於物價指數調整、審查程序與人力需求成本逐年增加，另地方政府亦反映收費價格已不敷審查使用，因此，環境部檢討修正現行收費基準，使審查費用收取更臻合理化。
環境部說明3月18日預告修正草案重點如下：
一、新增試運轉計畫審查收費項目。
二、考量實務審查作業需求，修正公民營廢棄物清除處理機構申請同意設置文件、試運轉計畫核准及各種許可證之核發、展延及變更之審查費費額。
三、公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法已無清理機構，爰刪除清理機構相關規定，並統一機關名詞為核發機關。
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