為健全規費徵收制度，落實使用者付費原則，特別針對9年未修正之毒性化學物質運作許可申請收費標準進行檢討後，於96年8月22日修正發布「毒性化學物質運作許可申請收費標準」，其名稱並修正為「毒性化學物質運作申請收費標準」，該標準訂定之收費最高者為申請解除第一類至第三類毒性化學物質之限制或禁止事項之二萬元，最低者為變更核可文件運作場所以外之其他內容之三佰元，此外僅變更運作人基本資料者不收費。
「毒性化學物質運作許可申請收費標準」於86年2月5日公布實施，87年6月24日修正發布後，沿用迄今。環保署說明，本次修正主要係規定主管機關依「毒性化學物質運作申請收費標準」核發（準）、展延、變更各項運作之許可證、登記文件、核可文件，及解除第一類至第三類毒性化學物質限制或禁止事項時，均可收取審查費、證書費，該標準可至本署http://www.epa.gov.tw/main/index.asp查詢。
環保署強調該收費標準係考量主管機關依「毒性化學物質管理法」審查各項運作行為時，所需之程序、人力、設備等成本而訂定相關規費。依據該收費標準，主要規定事項如下：
1.運作行為之審查分為形式審查及實質審查，形式審查部分不收取審查費；實質審查部分，除新申請案與運作場所變更案，收取相同審查費外，其他如展延或變更其他內容，則依審查時所耗費之程序、人力、設備等酌減。
2.申請解除第一類至第三類毒性化學物質之限制或禁止事項為一次性申請，無展延、變更事項，故僅有新申請案收取審查費。
3.申請展延或變更各項運作之許可證、登記文件、核可文件，每件申請案涉及變更多項內容者，審查費以展延或變更內容之收費標準最高者計。
4.新增配合主管機關通知換發者，免收取證書費。