過去二仁溪中游流域為國內廢五金回收與提煉工廠的聚集地，相關廢五金透過粉碎、淘選、焚燒及酸洗作業造成二仁溪沿岸污染嚴重，目前該類廢棄物均以物理方法處理，已不會再造成污染。環保署、地方環保局及水利署積極合作改善二仁溪污染情形，從民國98年迄今已執行5次二仁溪沿岸廢棄物之大量移除作業，統計共移除廢棄物計約13.6萬公噸，投入金額超過10億元以上，可見政府對於二仁溪整治的長期用心及努力無庸置疑，絕非報載所說政府沒有作為。
因為各項資源積極投入，也帶來二仁溪水質及環境改善的好消息，根據最新111年環保署二仁溪下游二層行橋及南萣橋污染指標及重金屬水質分析，其河川污染指數(RPI)污染指數已有逐漸下降，另大家關心的重金屬（銅、鎘、鉛）濃度同樣亦有穩定下降的趨勢，近年均未有超出保護人體健康相關環境基準之情形，因此近年來二仁溪已逐步發展成民眾綠生活的生態及親水空間，實為歷年來政府單位及民眾共同努力所致，而報導引用過去未清理照片，且又錯誤引用X射線螢光光譜儀(XRF)直接認定當地有有害重金屬污染，與已清理的現況不符，該光譜儀僅為適用於初步且粗略的快篩檢驗，不適用廢棄物檢測結果之判定。
現存廢棄物4處場址環保署調查水質穩定，尚無疑慮，暫無緊急移除需求。倘有沖刷裸露危害，水利署第六河川局與臺南市政府已訂有危害處理程序，立即處理。水利署已研擬「二仁溪河道廢棄物清理實施計畫第二期」草案，受限國內廢棄物焚化、掩埋能量有限，執行介面涉中央地方多個單位，均由環保署與水利署第六河川局共同努力協調克服中。另水利署第六河川局就廢棄物場址尚有裸露疑慮處，先行加強穩固作業，並與當地環保局持續進行水質調查資料，確保市民安全。環保署111年更針對二仁溪剩餘部分進行環境調查及清理方案評估，希望能研議更經濟、效益、生態、環保之處理方案，以提升二仁溪當地優質生態環境。