莫拉克颱風造成局部地區淹水情況嚴重，環保署已聯繫各縣市環保局及鄉鎮市公所依災情待命及完成廢棄物清理相關準備工作，待淹水情形和緩後，立即依據災後垃圾快速清理原則進行各項廢棄物清理工作，以加速環境之復原。
環保署呼籲，災區積水退去後，請民眾優先將易腐敗、發臭的廢棄物清出，以利當地清潔隊優先加速清除處理，避免因孳生蚊蠅衍生環境衛生問題。不易腐敗之廢棄物暫時堆置在空地或路旁，以不影響救災及交通為原則，於第二階段清理。此外，大型垃圾請洽當地環保局確定收集的時間後，再送到戶外由清潔隊統一收集清運，以保持環境整潔。