因應新冠肺炎(COVID-19)，行政院環保署依據中央流行疫情指揮中心分工，結合各縣市環保局，委託專業廢棄物清除處理機構辦理防疫廢棄物清理作業。對於居家隔離、居家檢疫者及防疫旅館之隔離及檢疫者廢棄物，由縣市政府委託乙級清除機構收運送地方設置之集中點，再由環保署委託甲級清除機構轉運送至甲級處理機構處理，已徹底與清潔隊收運一般家戶垃圾分流，一般家戶垃圾並無傳染新冠肺炎問題，環保署呼籲民眾安心，並呼籲國民排出家戶垃圾時應確實佩戴口罩、保持安全社交距離、並避免交談，以確保防疫安全。
環保署已訂定「各級環保機關因嚴重特殊傳染性肺炎辦理居家隔離或居家檢疫者垃圾收集清運處理作業程序」、「各級環保機關因應嚴重特殊傳染性肺炎辦理防疫旅館隔離或檢疫者垃圾收集清運處理作業程序」與「因應嚴重特殊傳染性肺炎辦理集中檢疫場所被隔離者垃圾收集清運處理作業程序」等行政命令，執行隔離及檢疫者之垃圾清運，全力協助防疫工作。
環保署為執行新冠肺炎防疫工作，特簽訂「因應嚴重特殊傳染性肺炎北區及南區居家隔離及居家檢疫者廢棄物清理服務開口契約」委託甲級廢棄物清除機構負責執行居家隔離、居家檢疫者及集中檢疫所隔離者之防疫垃圾收運處理工作；各地方環保局則委託乙級廢棄物清除機構負責清運。針對居家隔離及居家檢疫者之垃圾清運，依地方衛生或民政單位提供有垃圾清除需求名單給當地環保局後，環保局即依上述作業流程，由乙級清除機構清運至集中點，再由甲級清除機構清運到甲級廢棄物處理廠，對於防疫廢棄物嚴謹妥善收集清理，並與一般家戶垃圾收運作業分流。
環保署指出，由於一般家戶垃圾已與防疫垃圾分流，家戶垃圾並無傳染新冠肺炎問題，因此，並無停止垃圾分類資源回收之規劃，經查世界各國及各大城市也未有因防疫停止垃圾分類資源回收而將回收物併入一般垃圾處理情事，故請國人及清潔人員無需擔心，環保署近期也已特別再請各地方環保局於辦理一般垃圾回收、清除及處理時，強化清潔人員自我防護，並適度增加人員與清運機具之消毒頻率，以降低感染風險，確保防疫安全。