有關石門水庫疑似埋有爐渣及檢驗發現pH高達11事宜，行政院環境保護署說明如下：
一、林淑芬立法委員於本（98）年4月9日提供本署光碟，光碟內容有百吉國小附近湳仔溝整治工程照片（未註明日期），及以攜帶式溶氧計檢測石門水庫水質的照片，96年7月3日龍珠灣附近水域氫離子濃度指數為8.96、8.93；96年7月3日石門水庫東區水域碼頭氫離子濃度指數為9.08；及96年7月3日阿姆坪水域為9.04，皆未有氫離子濃度指數高達11的情形。
二、行政院環境保護署於石門水庫設有5個監測點，定期並長期採樣測定石門水庫的水質；其中第1點位於童話世界風景區下方、第2點位於大壩取水口、第4、5點位於龍珠灣遊樂區下方水域；第1-3點採表層、中層及底層水、第4、5點採表層水。經環保署分析近5年水質監測數據顯示，水庫氫離子濃度指數介於6.9至9.2之間，大致維持在8左右（如表1），也從未出現氫離子濃度指數高於11的情形。
三、環保署表示，水質監測的結果有少部分氫離子濃度指數超過9的現象，經研判係在水庫的表層發生優養化的現象。依環境化學工程的理論，地面水均長有藻類，藻類在行光合作用時，要利用二氧化碳（CO2），移除後即導致pH升高，使二氧化碳低於平衡濃度，使氫離子濃度指數上升更高。藻類繼續攝取二氧化碳，直到氫離子濃度指數的上限10至11。水庫優養化造成的藻華現象，大都在陽光充足的7、8月，使水中藻類大量繁殖。
四、造成水庫的優養化，係因水庫的營養鹽（氮、磷）較多。來源有生活污水、餐飲廢水等點污染源及暴雨沖刷地表造成之非點污染源。
五、95年10月18日民眾曾反應石門水庫遭棄置廢棄土：
（一）當日本署立即派員會同陳情人前往查察，於桃園縣百吉國小旁發現數堆不明土丘，經查該處正從事湳仔溝整治2 期工程，為水利署北區水資源局發包之工程，經訪查施工單位，其否認該數堆土丘為其所有。桃園縣大溪鎮公所於95年10月26日函請大溪分局百吉派出所將地主依違反廢棄物清理法第46條、將水利署北區水資源局、工程施工業者依違反廢棄物清理法第41條規定分別移送地檢署偵辦。
（二）95年12月20日再次派員前往查察，於該工程另一施工地點(5K+700處)發現遭棄置掩埋處理營建廢棄物及金紙焚燒後之灰燼等，為未經主管機關許可即從事棄置掩埋處理廢棄物之行為，已違反廢棄物清理法第41條，涉同法第46條刑責規定。因現場未明確查獲行為人，經移請環保警察隊通知工程施工業者(廣鑫營造及天星營造)、北區水資源局等相關責任人到案說明，並於95年12月20日將工程施工業者天星營造有限公司及廣鑫營造有限公司依違反廢棄物清理法第41條已分別送地檢署偵辦。
（三）為確保民眾用水之安全，並確認該疑似燃燒後灰燼之廢土係屬一般或有害廢棄物，95年12月18日及20日稽查時當場採集樣品送驗，檢驗項目包括pH值、戴奧辛及重金屬(汞、鉛、鎘、鉻、砷、鋅) ，經檢驗結果均未超過有害事業廢棄物認定標準。
（四）至於現場之廢棄物(土)，已責成承商提報廢棄物清理計畫書經桃園縣政府環保局審核通過，於96年1月29日起進行清理作業，本署北區督察大隊並於96年1月30日抽查跟監，清理之廢棄物(土)確實送至騰昌公司處理，北區水資源局已委託保全公司於現場逐車拍照、記錄，並有清運聯單，清除後相關資料將送交桃園縣政府環保局備查。共清理2100公噸，已完成清理。
六、至於96年間曾發生石門水庫龍珠灣氫離子濃度指數高達11之情形，經查係水利署自動監測系統感應器故障問題所致，而非水質異常，此點業經經濟部水利署北區水資源局調查確認在案。