因應新冠肺炎本土疫情嚴峻，中央流行疫情指揮中心宣布全國三級警戒至6月14日，餐飲業全面禁止在營業場所內餐飲，許多公共場所也停止對外開放，連帶此類場所公廁目前不開放提供使用。疫情期間民眾應減少不必要外出，但仍有使用公廁需求，環保署表示，各主要交通場站高鐵、臺鐵、捷運、中油公司直營加油站等，每小時即進行公廁清潔消毒，環保署也提醒各公廁管理單位落實消毒，加強防疫。
目前仍處疫情第三級疫情警戒，依照指揮中心防疫措施，民眾外出時應全程佩戴口罩，除可開放營業場所外，停止室內 5 人以上，室外 10 人以上之聚會。餐飲業則全面禁止在營業場所內餐飲，許多機關及企業也啟動分流上班，因此許多營業場所公廁目前未開放提供民眾使用。但民眾在外還是有使用公廁需求，尤其是交通運輸場站，公廁管理單位必須加強清潔及消毒頻率。環保署表示，全國交通場站已依疫情提高清潔消毒頻率:高鐵站公廁消毒頻率提高為每小時1次；臺鐵部分，台北、桃園、台中車站等人潮眾多重點車站原則每小時消毒清潔1次，其餘各站原則會依人潮使用量提升清消次數；臺北、桃園、臺中、高雄捷運站公廁依所在地疫情程度增加每日消毒頻率，客運站每小時消毒清潔1次；加油站部分，臺灣中油公司直營加油站616座公廁不僅持續開放民眾使用，並每半小時至1小時消毒清潔1次。
環保署提醒民眾避免不必要外出，若使用公廁敬請民眾務必配合公廁使用場所防疫規範，做好體溫量測、實聯制登記、配戴醫療用口罩、如廁後勤洗手，做好自我健康防護，以降低感染風險，共同抗疫。民眾也可以利用環境即時通APP通報公廁情形，共同監督提升公廁品質。