97年度迄今已有6位環境工程科技師經行政院公共工程委員會公告懲戒確定，其中有未善盡職責，執行某電鍍工廠水污染防治措施計畫及排放許可證之技師簽證業務，違反「環境工程技師簽證規則」及「水污染防治法施行細則」相關規定，遭行政院環境保護署移送懲戒，並經工程會公告停止執行業務一年，情節最為嚴重。另有4位技師亦因執行簽證業務不當，違反相關簽證規定，遭懲戒停止執行業務3個月至6個月不等。另有1位技師則因簽證日期逾執業執照有效期間且有偽造執業執照之情事，而遭移送法辦及懲戒停止執行業務2個月之處分。環保署呼籲執業環工技師要愛惜羽毛，善盡專業工作責任並依法執行簽證業務，以免遭受懲戒。
環保署表示，自92年與台灣省環境工程技師公會合作加強辦理環工技師簽證案件簽證品質查核作業，執行至96年已篩選查核141件次，發現部分執業環工技師未善盡職責執行簽證業務，該署已陸續將16位(23件)違反技師法相關規定之環工技師移送工程會懲戒。據環保署統計，迄今已有11件完成審理，停止9位技師(10件)執行業務共達47個月，1位技師(1件)受申誡處分，另12件仍在審理中。
環保署說明，現行環保法規中，規範指定事業申請之文件應經執業環工技師簽證者，有「水污染防治法」第17條規定之水污染防治措施計畫、排放許可證或變更登記及「空氣污染防制法」第26條規定之空氣污染防制計畫，期藉重環工技師專業，協助環保主管機關確認事業之污染防治(制)設施能發揮功效。經環保署近年查核發現，環工技師執行業務常見之簽證缺失包括污染防治設施之設計處理效能不符合學理、簽證文件內容記載污染防治(制)設施之配置、容量或處理流程與現場不符等，提醒環工技師執行簽證業務時應多加留意。
環保署強調，環工技師執行簽證業務是維護環境品質第一線把關之重要工作，如技師簽證品質不良使事業污染防治(制)設施功能不彰，進而造成環境污染並使事業遭受處分，事業亦可能須向當地環保主管機關辦理變更，造成社會資源之浪費。故該署籲請事業單位慎選環工技師辦理簽證，以維護自身權益；相關技師懲戒執行公告情形，可至行政院公共工程委員會網站查詢(網址：http://www.pcc.gov.tw/index_tech.htm，點選「公告資訊」項下之「技師懲戒執行公告」)。
環保署另表示，未來將強化環工技師資訊相關系統功能，整合成環工技師簽證服務資訊單一入口網站，民眾可藉由網站查詢技師執業資訊及獎懲紀錄，技師可藉由網站進行線上申報簽證紀錄作業，環保主管機關亦可由網站查詢技師詳細基本資料及簽證紀錄統計資訊，以順應資訊化時代潮流，同時強化環工技師簽證品質管考機制，並落實環工技師簽證管理制度。