台灣水資源保育聯盟指控台灣港務公司所提出的「南星土地開發計畫-自由貿易港區第一期環境影響說明書第一次變更內容對照表」環評資料偽造不實，經環保署本年3月21日召開環評初審會議判定，本次變更係依高雄市前鎮地政事務所辦理地籍分割，並於當天會議親自向該聯盟說明並無所指控之情況，惟會後該聯盟仍持續指控台灣港務公司，因此環保署公布相關資訊，將事實完整呈現。
南星自由貿易港區第一期環境影響說明書在101年9月通過環境影響評估審查，當時的說明書記載了會使用到地號002-3的部分土地。後來因為南星自由貿易港區第二期計畫也會使用到第一期剩餘的0002-3土地，因此高雄市前鎮地政事務所就依據了南星自由貿易港區的細部計畫，將0002-3地號的11萬餘平方公尺的土地重新分隔成2筆，其中一筆仍編號為0002-3，面積1萬4千餘平方公尺供第一期計畫使用；另一筆更改編號為0002-10，面積9萬9千餘平方公尺供第二期計畫使用，因此台灣港務公司很明確的在所送資料中標示，地號0002-10在第一期計畫使用面積為0。（詳見附表）
台灣港務公司以務實的方式辦理地籍分隔及重測，清楚的釐清南星自由貿易港區第一期、第二期計畫各自使用不同地號的土地及面積，利於外界監督開發範圍，在3月21日當天會議中也詳加說明，但台灣水資源保育聯盟會後仍持續指控台灣港務公司偽造文書，並向監察院、立法院舉發，甚至表示要向高雄地檢署告發該公司。環保署表示，該署向來感謝環保團體提供各項建議，惟仍呼籲環保團體應本著理性的態度，而非曲解開發單位對環境保護工作的努力與付出，甚至動輒提告。