「曾文水庫越域引水計畫環境影響評估報告書」前經本署92年審查通過，依環境影響評估法第17條規定，開發單位應依環境影響評估報告書及審查結論內容，切實執行。環保署於本（98）年7月進行本案環境影響評估監督現勘，發現開發單位未經環評主管機關核准前，已逕變更本計畫開發內容，將荖濃溪攔河堰堰址變更上移400m，並先行施作有關地盤改良、右岸防洪牆保護工及引水渠道保護工部份，並未切實依環保署環境影響評估審查通過的內容執行，依法可處新台幣三十萬以上一百五十萬以下罰鍰，經環保署7月22日函請開發單位陳述意見及開發單位7月28日提出陳述意見，環保署將從重處以最高罰鍰150萬元。
環保署強調本計畫有關荖濃溪攔河堰及附屬工程細部設計調整的變更內容，有加重環境影響之虞，環保署已請專案小組再評估是否要求重新辦理環境影響評估，違規施工部份已處於停工狀態，必須通過環境影響評估審查程序後，才可復工。