環保署環境影響評估委員會於本（98）年6月24日第178次會議審查「曾文水庫越域引水計畫環境影響差異分析報告」案，對於本計畫將堰址上移400m、新增取用伏流水及附屬設施由左岸移至右岸等變更內容是否應重新辦理環境影響評估，決議退回專案小組再審，請開發單位就不抽取（或引用）伏流水、堰址上移之影響等進一步釐清。該署表示後續將依環境影響評估法規定審慎辦理。
「曾文水庫越域引水計畫環境影響評估報告書」前經本署92年審查通過，本次開發單位申請變更內容包括剩餘土石方處理（旗山溪工區棄土變更可作農地改良使用等）、荖濃溪攔河堰及附屬工程細部設計調整（堰址上移400m、新增取用伏流水及附屬設施由左岸移至右岸等）、草蘭溪出流暨輸水工程細部設計調整等，經環保署召開3次專案小組審查會議，並於98年4月27日專案小組第3次審查會議做成下列幾點結論：1.本案「剩餘土石方處理（農地改良部分除外）」及「草蘭溪出流暨輸水工程細部設計調整」變更內容，建議審核修正通過。2.本案「剩餘土石方處理」變更內容之農地改良部分，應釐清相關法令疑義後，另案提出變更。3.本案「荖濃溪攔河堰及附屬工程細部設計調整」變更內容，其中堰址上移400m、新增取用伏流水及附屬設施由左岸移至右岸等變更，有加重環境影響之虞，應就申請變更部分，重新辦理環境影響評估。
環保署曾於本（98）年7月進行本案環境影響評估監督現勘，當時本案開發情形為東引水隧道部分東段已施工2,119公尺、西段已施工2,533公尺，西引水隧道部分4,341公尺，已貫通，荖濃溪攔河堰及附屬工程部分施作12﹪，旗山溪跨河工程及草蘭溪出流配合工程尚未施作。對於開發單位未經環評主管機關核准前，逕先行施作荖濃溪攔河堰堰址上移400m有關地盤改良、右岸防洪牆保護工及引水渠道保護工部份，已涉及違反環境影響評估法規定，依法可處新台幣三十萬以上一百五十萬以下罰鍰，情節重大者，主管機關得命停止實施開發行為，環保署強調將依法辦理，並於7月22日函請開發單位陳述意見，經開發單位7月28日提出陳述意見，刻正裁處中。