有關「16萬件環保公害僅14%開罰」報導，未能配合陳情污染時段稽查，期盼符合民眾需求，環保署表示為提高公害陳情系統服務績效，該署已將民眾陳情指定時間稽查案件列入地方環保局執行公害陳情績效評比的範圍，對於陳情污染時間明確者，務必配合落實；而對於民眾一再陳情的案件，除由該署監督地方環保局複查外，必要時由該署三區環境督察大隊直接進行複查；至於感覺性污染案件常隨污染源與陳情人的相對位置有所差異，該署亦希望陳情人儘量提供聯絡資料，俾利稽查。
有關開罰偏低問題，經檢討其可能原因為第一：陳情案件中55%為噪音及異味污染，該等案件常因陳情人主觀感覺差異、污染狀況容易消失不易採證、法規標準不符陳情人期待等，如噪音以均能音量管制，未能以瞬間音量管制，非連續性噪音舉發困難度高等。第二：部分污染源具有時間特性，因部分地方主管機關希望稽查人員縮短陳情處理時效，立意係對民眾陳情迅速反應，反而忽略污染源的特性，因此降低查獲機率。第三：針對污染源稽查作業，該署已將協談機制納入稽查程序中，針對業者缺失部分，於協談過程中一次完整的告知業者負責人，並責令改善，再不改善者予於重罰，該作業方式該署已在97年執行的「土石業稽查督察專案計畫」中實施，成效良好。此種透過積極深入協談輔導，讓業者澈底改善的作法，遠勝過去陳情一次開罰一次治標不治本的作法。
環保署所建置的0800-066666公害陳情報案系統，從85年執行迄今達13年之久，由於該報案系統24小時服務且全年無休，已提供民眾方便陳情的管道，故陳情案件數日益增加，該署亦隨時針對民眾陳情案件加以檢討並探究原因，以提供法規修訂、政策擬訂及環境污染稽查督察技術改進等參考，如低頻噪音、冷氣機滴水等污染案件管制作為，即由公害陳情系統反映後加以修法實施。該署今後仍將持續辦理上開工作，使公害陳情系統為民服務的績效更加提升。