我國代表團參與巴塞爾公約第六次開放性工作小組會議，遭聯合國安全部門拒絕接受報到，多次向巴塞爾公約秘書處爭取協助仍無具體進度後，代表團於當地時間9月5日下午16時召開記者會，並前往會場向公約秘書處遞交抗議聲明。
巴塞爾公約秘書處於96年9月3日至9月7日期間，於瑞士日內瓦召開第6次開放性工作小組會議（Open-ended Working Group of the Basel Convention Sixth session ,OEWG6），我國歷年均有組成代表團參加，除參與相關會議外，並加強與各國代表交流，交換有害廢棄物越境管制成效經驗，今年亦不例外。
9月2日，代表團成員抵達會議所在地點辦理報到手續時，竟遭聯合國安全部門以「內規變更」不再承認台灣護照為由，拒絕受理我國代表團成員報到。經我國代表團向巴塞爾公約秘書處及其他國家代表爭取協助，巴塞爾公約秘書長立即同意協助我方向聯合國安全部門要求釐清緣由，並請求聯合國紐約總部就此事為裁決；同時我國代表團亦向我駐日內瓦辦事處請求協助。
9月3日，大會開始後，國際友邦代表於會中發言，主張我代表團過去數年貢獻良多，不應被剝奪參與機會。公約秘書處法律組長表示：此事主要因為聯合國安全部門以不承認我國護照為由拒絕接受報到，秘書處正依聯合國協議(一中原則)及往例與聯合國紐約總部聯繫處理。本案最後經大會同意納入下午議題的討論範圍。
9月4日，整日未獲可與會之決定，聯合國日內瓦分部之Director General表示，奉紐約總部指示不同意我國代表團與會，但提不出任何文件。
9月5日，代表團前往會場向公約秘書處洽詢我方與會事宜，得知開會迄今仍無具體進度後，沈大使呂巡以「聯合國持續升高對於台灣參予國際事務阻撓 UN Steps Up Its Injunction Against Not Only Taiwan Reporters, but Also Duly Invited Taiwan NGO Experts」為標題，親自撰寫抗議文書。並於當地時間下午16時召開記者會，會後我國代表團在駐日內瓦代表辦事處官員陪同下，前往會場向公約秘書處遞交抗議聲明。我國代表團已於9月9日返抵國門，對於在日內瓦多方爭取與會，未能得到善意回應，咸表憤慨。
自我國推動以台灣名義申請加入聯合國後，國際間已陸續出現多次以我國護照為由產生問題之事件。現在，連不涉及政治議題且執行聯合國任務之環保國際公約–巴塞爾公約，亦不同意我國代表團與會。是否中國在背後政治污染聯合國已令人起疑，環保署對聯合國在處理此事件之不當過程，已透過外交管道及國際友人向聯合國總部提出抗議，環保署也基於國際環境保護遭受政治污染，表達嚴重抗議。