環保署表示對於89年及91年間通過中華映管股份有限公司龍潭工業園區報編計畫及宏碁智慧園區開發計畫變更案的環境影響評估審查，並作出「若承受水體規劃作為飲用水水源時，本計畫之放流口應設置於該飲用水水源之下游」及「放流水總氮應小於10毫克/公升」審查結論，主要考量上述二計畫開發區並非位於禁止開發或排放之「飲用水取水口一定範圍內」及「水源保護區」等環境敏感區位，且開發單位同意採較嚴格之排放標準，並將保護霄裡溪水源，以備日後於該水體取水供作水源使用納入範疇，已達成環境影響評估之環境保護目的。
環保署曾於97年針對友達、華映承受水體霄裡溪，以該署公告的感應耦合電漿質譜分析儀法（ICP MASS）進行水體中將近30種重金屬及微量元素檢測，確認由高科技產業廢水產生的重金屬項目含有銦和鉬，且出現在附近井水中，其濃度雖高於環境背景值，但遠低於飲用水的安全限值，並無使用上的疑慮。但外界質疑，高科技產品與製程的經常創新，如果使用了對環境影響不明的有害或有毒物質，排放進入環境中，目前的法令並不能有效掌握。
針對上述質疑，環保署未來對於高科技產業園區開發案環境影響評估審查，將比照當前全世界最為嚴格的化學品監控管理的歐盟REACH制度，規範園區開發單位應就未來引進的區內廠商有申報及登錄等義務，以完整掌握使用化學品相關資訊並據以管理，該制度重要理論依據為「一種化學物質，在尚未證明其安全之前，它就是不安全的」，推翻先前「一種化學物質，只要沒有證據表明它是危險的，它就是安全的」的假定原則，並要求生產商、進口商和化學品下游使用者對其產品各方面的安全性負責。
環保署強調環境影響評估係開發行為對環境的可能影響程度及範圍，事前以科學、客觀、綜合的調查、預測、分析及評定，提出環境管理計畫，並公開說明及審查，換言之，環境影響評估審查是一種科學的專業審查，主要基於審查當時科學上所能釐清及確認的事實，如果開發行為進行中及完成後使用時，主管機關發現對環境造成不良影響時，環境影響評估法亦明定有處置方式。常有將臆測當作事實或以錯誤的說法來混淆事實，造成誤導民眾的遺憾，環保署認為有隨時加以澄清的責任。