環保署為推動區域環境管理工作，以超前部署方式，配合中央政府組織再造之規劃架構及精神，於111年1月1日正式成立「三區環境管理中心」，以既有環境督察總隊北、中、南三區環境督察大隊之組織架構中，將區域環境治理、督導地方環保機關執行環保業務及環境犯罪查緝執法納入為北、中、南三區環境管理中心之核心業務，並由大隊長兼中心主任。
環保署表示，繼110年7月1日成立「資源循環辦公室」及「氣候變遷辦公室」後，為事權統一及精實行政效能，將一般廢棄物管理及環境衛生管理業務移入環境督察總隊接續辦理，並自111年1月1日再將「向海致敬-海岸清潔維護計畫」「天災應變」及「防疫防災窗口」業務移入由環境督察總隊統籌辦理。該署為強化組織效能，並配合中央政府組織再造，為推動區域環境管理業務需求，於環境督察總隊下設立北區、中區及南區等三個區域環境管理中心，各區管理中心下設「綜合規劃」、「行政督察」、「犯罪查緝」、「區域環境設施」及「區域環境管理」等5組工作團隊；另外也在北區環境管理中心下設立「防災應變組」，負責該署天災應變之統合性業務。
環保署指出，未來三區環境管理中心職能業務除持續辦理既有三區環境督察大隊的環境犯罪查緝執法及行政檢查督導業務之外，亦包括環境督察總隊負責的垃圾處理設施管理以及環境衛生管理等協力業務，北區環境管理中心尚包括該署天災應變及防疫防災窗口，可藉由人員調整及互相支援方式，創造人力運用及勤務分配之彈性，除可以平時執行重大或跨區環保案件查核、廢棄物管理及垃圾妥善處理之工作外，若於發生重大環保事件、天災等事故時，亦可迅速進行應變，以提高組織效能及強化核心職能。