機關首長是否可以政策決定應否實施環境影響評估？環保署表示：應否實施環境影響評估是法律適用問題，並非首長選擇作為或不作為的政策決定範疇。有關自由時報98年9月14報載「馬英九市長任內四大『政績』」，其中有關貓空纜車部分列表說明，「馬任內『決策不環評』、不水保、並曾要求在卸任前通車趕工」乙節，環保署認為，與依法認定應否實施環境影響評估之判認操作模式不符，恐引起民眾誤會，特別提出澄清。
環保署表示，開發行為是否應實施環境影響評估，應依「開發行為應實施環境影響評估細目及範圍認定標準（以下簡稱『認定標準』）」及該署依「環境影響評估法」第5條第1項第11款公告之規定辦理，其中並無機關首長依個人意願決定應否實施環境影響評估的空間。環保署認為，依法行政是民主國家政府運作基本原則，該署並以八八水災災民安置之土地變更及開發為例說明，災後興建社區住宅安置災民，以環境保育對策取代環境影響說明書的作法，「也是要依據重建條例才可以辦理」。
環保署表示，台北市貓空纜車是否應進行環境影響評估，於94年9月6日由該府交通局函詢該府環境保護局，該府環境保護局並於94年9月9日依當時認定標準認定無須實施環境影響評估在案，該纜車並於96年完工營運。
環保署並重申，目前認定標準對纜車興建、擴建均已納入規範，貓空纜車計畫內容如有變更、擴建等，開發單位應依規定將計畫書內容送目的事業主管機關轉送主管機關，依現行認定標準認定應否實施環境影響評估。