對於地球公民協會於98年6月5日指控「台電公司指揮環評會審查大林電廠擴建案？ 世界環境日，環保署為環境敲喪鐘」之聲明文稿中，用顛倒事實、強扣帽子、誤導民眾的用辭與手法，抹黑環評審查過程中「專家會議」的中立共識功能，污衊環評委員及環保署案，環保署特此提出澄清，並要求該協會一週內公開回應更正，以正視聽。
地球公民協會文稿中的事實引述錯誤有：
(1)台電公司對97年4月14日第4次「專案小組」會議建議「環評大會」僅同意大林電廠拆除舊電廠後興建「2座」新機組之決議，於「環評大會」中表達須興建「4座」新機組的理由，經「環評大會」決議再交付「專案小組」審查其主張。「專案小組」再審查前，則先舉行由沈署長創設請爭議之正、反雙方推派專家成立中立客觀的「專家會議」，以釐清及確認背景之事實及其主張之技術可行性。對台電公司提出的抵換計畫，經二次「專家會議」審議的結論為：專家間對其提出的抵換計畫可行性「…未達共識。」因此，在 98年6月5日第5次「專案小組」會議再審查，決議以「2座」與「4座」兩案並陳方式送「環評大會」審查時，對「4座」案，除要求台電新機組總排放不得超出既有空氣污染排放量外，並採納專家會議之結論，要求台電公司須另提出不包括以衍生物作為抵減措施的粒狀污染物排放減量計畫。此過程並非地球公民協會聲明文稿中所稱「『專家會議』一事無成，並沒有釐清任何爭議」。因為「專家會議」的中立客觀性，會中無法達成科技可行性與事實確認之共識者，則「專案小組」不據以作成決策，以確保環評過程不致以扭曲事實的方式作決定，因而發揮「專家會議」的功能。
(2)大林案「專家會議」第一次會議時已將「CO2排放增量」列為討論議題，但第二次會議時因台電彰濱工業區火力電廠案，環保署決定另成立「台電公司電廠整體溫室氣體排放減量計畫」的「專家會議」，地球公民協會亦參與該「專家會議」之專家推薦，大林電廠之CO2排放增量問題因而併入台電所有電廠整體排放的「專家會議」中考量，而不繼續在大林案「專家會議」的第二次會中討論。未來大林案將依據台電公司電廠整體溫室氣體排放減量計畫「專家會議」的結論作成決定，並非地球公民協會聲明文稿中所述「對CO2排放大幅增量」的問題完全避而不談。
(3)「專案小組」及「專家會議」的功能，是在「環評大會」舉行前先行審查開發計畫的環境影響評估報告書，以釐清開發計畫中各項替代方案環境影響的背景事實及其調查與預測方法的正確性與結果的一致性及可接受性。「專案小組」的任務並非必須對「要不要」通過或否決開發計畫的某項替代方案作成決定，而是決定開發計畫相關環評事實與推測「是不是」正確的問題，將審查結果提供「環評大會」審查做為「要不要」通過環評報告書及提供主管機關做為決定「要不要」認定開發計畫為不應開發時的論述依據。環境影響評估法第十四條第二項規定「經主管機關審查認定不應開發者，目的事業主管機關不得為開發行為」，慣例上環境影響評估法的中央主管機關環保署，以「環評大會」審查的結果決定替代方案是否不應開發或可開發。大林案第5次「專案小組」會議對大會交付審查「2座」與「4座」兩替代方案相關環評事實與推測「是不是」正確的問題，決議將兩案審查結果併陳，供「環評大會」審查討論決定「要不要」的問題，是符合程序的正當做法。第5次「專案小組」會議並未推翻第4次會議確認的環評相關事實與推測，只是未對「要不要」否決「4座」案表示意見。因此，地球公民協會聲明文稿中所述第5次「專案小組」的「環評委員憑甚麼推翻第4次專案小組的決議」是錯誤的指控。
地球公民協會在聲明文稿中抹黑「專家會議」、污衊環評委員及環保署的地方有：
(1)將爭議之正、反雙方推薦專家參與「專家會議」，中立客觀地釐清開發計畫環評事實與推測的正確性，抹黑為「只是一個讓開發單位有機會「『敗部復活』的程序」。
(2)對第5次「專案小組」中主張依「環評大會」要求，併案提出「2座」與「4座」兩替代方案相關環評事實與推測正確性的審查結果，供「環評大會」審議的環評委員以點名方式扣帽子，污衊地稱作「台電公司的打手」。
(3)環保署以網站預告環評過程各項會議，公佈會議紀錄及環評報告、召開釐清事實與預測的專家會議、邀請權益相關者參與等建立透明公開環評程序的用心，在環評委員多數決的「環評大會」或「專案小組」決定內容與地球公民協會的期望不同時，即將環保署污衊為「欺騙人民，配合台電公司」。
(4)環保團體及高雄市政府與台電公司間，對台電公司大林電廠更新計畫的主張一直不同，有所爭議。環保署及環評委員依保護環境的職權審議更新計畫的環評報告書，在尚未作成決定前，地球公民協會即在聲明文稿中，顛倒事實、抹黑環保署為「欺負地方、挑起中央和地方的嚴重爭議、為環境敲喪鐘」。
環保團體高舉保護環境與愛護地球的道德訴求，但是在自身的行為準則上是否應基於起碼應有的誠實、誠信與道徳良知，而不是顛倒事實、污衊、抹黑及扣帽子。對於地球公民協會以公開點名方式扣帽子，污衊環評委員部分，如果該協會一週內未公開回應更正，環保署將採取進一步行動，以維護環評委員在環評過程獨立客觀的審查空間。