媒體今（24）日報導環資部將併入經濟部水利署、農委會水保局等單位，水利、水土保持等工程相當多，質疑環資部球員兼裁判，恐護航開發案，環保署強調未來環資部將依環評法規定，設環境影響評估審查委員會審查環評報告事項，如環資部及所屬機關為開發單位時，環資部委員將迴避開發案的環評表決，且環境影響評估審查過程及資訊均公開透明，不會有球員兼裁判，護航開發案的情形。環保署並表示除環境影響評估法第3條規定，已有目的事業主管機關為開發單位，主管機關委員應迴避之明確規範外，以往環保署辦理垃圾焚化廠開發案的環評審查時，均依規定進行迴避，已有實績證明未來環資部如為開發單位，環評審查也將中立、客觀。
環保署表示未來環境資源部規劃設7司、6處、6個三級行政機關及3個三級機關，以四大層圈為面向，以污染防治、氣候變遷、流域管理、災害防治及自然保育為主軸，整合水、土、林及空氣等資源，環資部成立係為加強環境資源保護及維護生態環境平衡，與環境影響評估法預防及減輕開發行為對環境造成不良影響之環境保護目的並行不悖，更有相輔相成之效。
環保署更進一步說明國外如美國、德國、日本等國家的開發案環評，多由目的事業主管機關辦理，並作為是否核定開發許可時綜合考量一部分，優點是主管機關必須親自面對反對聲浪，將利害關係人的權益及意見納入開發案核定決策的考量因素中。因此環資部未來如同時擔任開發單位、環評審查機關及目的事業主管機關等角色，將於進行開發許可的決策時，更著重權衡環境與開發利益，對開發行為進行最佳之風險管理策略，以達成環境保護之目的。