有關102年4月24日台灣水資源保育聯盟因「台化公司涉短報空污費 要求停止六輕4.6台化公司擴廠環差」，要求停止六輕台化4.6擴廠環差審查，環保署說明如下：
一、環保機關之分工：
(一)依空氣污染防制法第3條規定，該法所稱主管機關，在中央為行政院環境保護署，在直轄市為直轄市政府，在縣(市)為縣(市)政府。以及依空氣污染防制法施行細則第5條規定，空氣污染防制法所定中央主管機關之主管事項，為地方空氣污染防制、監測工作之監督、輔導及核定事項屬之；另同細則第6條規定，直轄市、縣（市）空氣污染防制工作則屬直轄市、縣（市）主管機關之主管事項。
(二)本署主要負責全國性空氣污染防制政策、方案與計畫之規劃、訂定、督導及執行。固定污染源管制工作（含監測、稽查等）均屬地方權責，由雲林縣政府執行。
二、空氣污染防制費徵收說明資料
(一)依據空氣污染防制法第16條規定，各級主管機關得對排放空氣污染物之固定污染源及移動污染源徵收空氣污染防制費。爰此，本署公告空氣污染防制費收費辦法及相關配套規定，另本署依據上開收費辦法第25條規定，於96年7月3日以環署空字第0960049962號函委辦直轄市、縣（市）主管機關於99年1 月1日起辦理揮性有機物空氣污染防制費之徵收、申報、審查、查核、核定自廠係數、准駁變更排放量計算依據、結算、核算、核定及追補繳作業等事項。有關台塑六輕申繳空氣污染防制費，均係由雲林縣政府應本權責辦理核定及收費，由本署協助及督導雲林縣政府執行。
(二)依據本署空氣污染防制費資料庫資料顯示，99年度六輕申報之揮發性有機物空氣污染防制費排放量為1,988噸，申報之污染源包括製程、儲槽、裝載操作設施、廢氣燃燒塔、設備元件、廢水處理場（包括油水分離池）等6項，其中廢氣燃燒塔排放量為39噸，現正仍由雲林縣環保局本權責審查中，其審查重點包括確認廢氣流量正確性、廢氣熱值之佐證資料等項目，預計於102年7月完成核定。
三、有關六輕揮發性有機物排放量爭議說明：
(一)為釐清六輕揮發性有機物排放量爭議，經本署及雲林縣政府於共同確認六輕排放量爭議項目，提出合理之計算方式，經計算100年度雲林縣離島式基礎工業區揮發性有機物排放量為3,739噸/年，並已提送本署環評會議參考，釐清六輕工業區排放現況。
(二)另為確認101年度六輕揮發性有機物排放量爭議，本署於101年11月8日邀集雲林縣政府召開「101年度六輕揮發性有機物排放總量查核研商會議」共同研商合作解決六輕排放量問題，討論重點包括專家學者會議執行方式、六輕揮發性有機物排放量計算及查核方式、六輕新設新廠環評污染量排放審核原則等項目。本署未來將持續督導雲林縣政府執行空氣污染監測及稽查管制工作，並持續建議雲林縣政府後續運用爭議各方推薦專家召開「專家會議」，核算六輕揮發性有機物排放量，以保障當地居民之生活環境及健康。
(三)雲林縣政府已於102年4月10日召開六輕101年度揮發性有機物排放量核算之研商會議，確認核算結果，預計於5月邀集爭議各方所推薦之專家學者，正式召開專家會議，並將排放量核算結果送本署環評大會參考。
四、本署研究報告所提到之六輕排放量推估方式及排放量計算結果，皆為研究過程，故報告中皆有註明為”疑似短報”，必須再經過查證確認。由於排放量推估方式隨著對污染源的掌握程度及污染源操作條件而異，有鑑於六輕申報空氣污染防制費、排放量、申請許可證等審查權限，皆屬雲林縣環保局權責，故後續仍由雲林縣環保局執行六輕排放量最後確認工作，本署將持續督導及協助。
五、本案環保團體倘有六輕短報空氣污染防制費之相關證明資料，本署將轉由雲林縣政府本權責查證，依法辦理，並在本署環評委員會審查六輕環評差異分析的相關會議中説明查核結果。另環保團體所提出在六輕短報空氣污染防制費爭議未釐清前，要求本署停止六輕台化公司之4.6期擴廠環差審查之訴求，本署不便同意。因自去年11月8日本署邀集雲林縣政府召開「101年度六輕揮發性有機物排放總量查核研商會議」後迄今已超過六個月，雲林縣政府尚未召開專家會議確認六輕空氣污染排放總量，未來其確認之結果也可能是未超過環評核定之總量。未來雲林縣政府如確認六輕空氣污染排放量有超過環評核定總量情形，雲林縣政府可依照空氣污染防制法規定，限期執行減量至符合環評核定之總量。本署繼續審查六輕4.6期擴廠環差，將會先確認針對本案既有特定污染源排放之減量大於4.6期擴廠新增的污染量後，才有可能同意本開發案的變更，此作法與前述因超過環評核定總量而須執行之減量，可以分開處理，因此不須停止審查4.6期案。