有關地球公民基金會關心空氣污染防制費成本及只要工廠裝置控制設備或將製程改善至一定條件還能再享有優惠一事，環保署早已啟動檢討機制，並已逐步進行調整。
環保署表示，為落實污染者付費精神及以經濟工具誘使公私場所減量，並維護空氣品質，環保署自84年7月1日正式開徵空污費，開徵初期，固定污染源分二階段實施，第一階段先依油(燃)料使用量徵收，第二階段再依污染物之種類及實際排放量徵收；移動污染源則採隨油徵收。營建工程空污費則因應立法院審查86年度空污基金預算之附帶決議，自86年7月1日起由地方主管機關開徵，後續則為積極管制臭氧對於空氣品質不良造成之影響，自96年1月1日開徵臭氧前驅物之揮發性有機物空污費，以及考量有害物種對人體健康危害性與致癌性之影響與光化反應等因素，於99年1月1日再加徵13種個別物種空污費。
95年以前徵收之固定污染源空污費物種，主要為硫氧化物及氮氧化物，收費費率係依污染源排放之污染濃度高低不同，訂有不同之費率，其目的係為鼓勵業者裝置空氣污染防制設備，並藉由不同濃度、不同費率價差之優惠費率機制，間接補貼業者設置防制設備之成本，以減輕產業經濟衝擊；另考量87年至95年期間，鼓勵業者加裝防制設備之階段性目標已達成，該署遂於96年重新檢討空污費收費制度，並參採國外以評估空氣污染物之排放量大小對整體環境之損害程度成正比關係之成功徵收經驗，改採排放量規模、防制區分級收費之架構，並以反映防制成本為訂定依據，將硫氧化物採5至7元/公斤、氮氧化物採6至8元/公斤為基礎進行分級費率之修訂；揮發性有機物減量成本則約在17至36元/公斤，其平均值約30元/公斤，故採20至30元/公斤為基礎進行分級費率研訂；個別物種加徵費率則分為甲苯、二甲苯每公斤加徵5元，其餘11種物種每公斤加徵30元兩大類，以促使公私場所淘汰有害物種之使用。
移動污染源空污費85年度開徵時，考量各項油品污染程度差異及鼓勵大眾運輸系統，徵收費率乃訂為高級汽油：0.4元/公升，無鉛汽油：0.2元/公升，高級柴油：0.2元/公升；自民國89年開始即以油中硫含量做為分級徵收之依據，這期間利用分級收費之管制手段，提供經濟誘因，促使國內兩家油品供應商配合政策生產低硫油品，有效將油中硫含量自500ppmw降低至10ppmw，達到與國際油品管制標準同步。考量油中硫含量標準已達到零硫階段（含硫分低於10ppmw），故針對移動污染源空氣污染防制費分級收費項目進行調整，不再以硫含量作為分級收費之項目，自民國年99年10月1日起改採單一費率(0.2元/公升)作為收費基準。
環保署再進一步說明，考量公私場所為降低污染排放，主動裝置防制設備或製程改善致使污染物濃度低於一定標準者，則給予優惠係數措施，以促使其進行污染減量，惟為落實優惠之公平正義，該署已於100年10月17日修正優惠係數適用條件，使本應符合環評承諾限值、最佳可行控制技術排放限值或地方較嚴之排放標準之公私場所，須再自發性主動採用有效抑制減少空氣污染物排放之處理方式，使其污染源排放濃度較其本應符合法規義務之排放限值優於一定程度者，始可適用優惠係數；101年6月4日則明定使用氫氣、符合CNS驗證之天然氣或液化石油氣為燃料者，適用零費率，以誘使公私場所採用較潔淨之燃料，或進行其製程改善，以降低污染排放及促使污染減量。另鑑於近期中、南部地區均屬懸浮微粒不符合空氣品質標準之區域(即三級防制區)，為有效改善空氣品質，該署已預告修正營建工程空氣污染防制費收費費率，及考量水利主管機關辦理疏濬作業產生之逸散粒狀物，有影響民眾生活環境品質及身體健康之虞，已新增疏濬工程之空污費費率，以反映其污染之外部成本，促使營建業主設置或採行空氣污染防制設施，減少細懸浮微粒排放，以改善空氣品質。
環保署表示，空氣污染改善策略有多項方式，包括：加嚴排放標準、削減排放量及經濟誘因方式（如徵收空污費）等，該署近年來已檢討加嚴「鋼鐵業燒結工場空氣污染物排放標準」等標準、降低VOCs空污費優惠以提升廠方改善污染誘因、施行汽柴油車第五期排放標準及將汽/柴油硫含量降至10 ppmw、推廣使用電動(輔助)自行車、電動車輛及LPG、CNG及LNG等清潔燃料、增訂怠速停車時間之機動車輛應熄火相關規定、持續補助淘汰高污染老舊二行程機車等工作，另亦督導地方環保局執行約略三百多項空氣污染防制相關工作計畫來加強地方特性管制，且查101年全國空氣品質對人體健康不良影響站日數（PSI＞100）比率為0.95%，為83年至101年間最佳，分別較99年1.44%及100年1.38%改善幅度為34%及31%；其中指標污染物PM10由100年0.43%降低至101年0.12%，改善幅度高達72%最為明顯，臭氧則由100年0.95％降低至101年0.83％，改善幅度為13%，顯見在該署的持續努力下，空氣品質確有改善。該署將持續精進各項空氣污染防制措施，提昇空氣品質。