聯合晚報98年9月23日刊載「中科的廢水，到底要往哪去？」乙文，文中所述審查情形與事實不符，為免誤導大眾，特此說明澄清。
中科四期環境影響說明書審查案仍在進行中，不管是「舊濁水溪」、「濁水溪」或「海洋放流」等3個方案，環保署或環評委員會迄今並未排除或選擇某一特定排放方案。但中科管理局在環評審查過程，因彰化縣福興鄉外海養殖業抗爭確曾於審查會中聲明放棄舊濁水溪水排放方案，並非環評委員會審查之決定。聯合晚報所載：「環評委員會本來決定自雲林排放，遭地方反對後，改為自彰化排放...」是錯誤的報導，恐誤導民眾，特此澄清。
中科四期環評書原僅提出一個方案，是將廢水「以專用管線排至舊濁水溪」，在本案環評說明書審查過程中，由於王功外海養殖業者擔心廢水影響養殖漁業，進行抗爭要求改排，彰化縣政府亦予支持，且建議中科採納「排放至濁水溪」的第二個替代方案；隨後的專家會議中，有專家代表提出應考慮「設置海洋放流管」，而有第三個替代方案。
本案審查過程，中科管理局確因民眾抗爭而於審查會中或其他場合對外宣布要放棄某一替代方案。但環評委員會不會因此有所改變審查範圍，將繼續審查中科管理局曾提出或納入的各種替代方案。其實，中科四期排水，無論排放到舊濁水溪或排放到濁水溪或以海洋放流管放流，都要採取減輕可能影響的對策，達到依學理預測不致影響出海口養殖業的程度，未來並經常監控其影響。只是此二河川的乾季流量或海域潮流量的大小不同，其稀釋及涵容污染的能力不同，致各替代方案所需採取之減輕對策程度亦有所不同，相關事實及學理預測，為環評委員會須加以審查確認者。
環評法雖授權環保署可以否決有重大環境影響的開發計畫，但環評審查結論，亦可容許環境影響相當且可接受的數個替代方案通過環評審查，其替代方案之選定則留待發給許可的目的事業主管機關，綜合考量各方因素之後，再行決定。中科四期廢水處理後的排放地點替代方案，將循上述原則處理。
未來環評委員會審查中科四期的結論，除非確認其中某一廢水排放替代方案的環境影響重大，須予認定不應採用外，否則不會排除其中任何一個替代方案。環保署將環評委員會審定各替代方案的環境影響與污染減輕對策，提供中科管理局或縣長，綜合考量環境影響及其它他因素後，再選定其中的優選方案。
環保署於98年8月10日第4次初審會議，要求中科管理局於98年10月31日前補正資料後再審；環保署環評委員會將俟中科管理局提出資料後，就所提排放方案與減輕對策，本於環境保護的原則與環評委員的專業審慎審查。