台灣立報11月15日刊登「談環評的制度機能與運作條件」，文中提及蘇花公路改善計畫環評「這樣的案子卻在蘇花公路因為豪雨成災，造成慘重生命損失後，迅速地通過了」、「為何先前的開發是有爭議的，以致環評遷延數年不決，而今卻立刻可以放行？」等語，部分與實情不符，為免誤導民眾，環保署特澄清說明。
環保團體一再將蘇花高與蘇花改二案混為一談，二案根本無法相提並論。蘇花高之重大爭議點主要在於環保團體擔心高速公路將引進大量人潮進入花蓮，花蓮的優良環境恐被破壞，對社會經濟影響弊多於利，且不利花蓮之永續發展，故當年專案小組審查時，因本爭點無法解決，才遲遲無法通過環評差異分析。但蘇花改一案並非新闢一條高速公路，僅就必要路段進行改善，以提供花東民眾安全回家的路，交通流量未變，不會引進大量人潮，並無如蘇花高般社經影響之爭議，故其環評方可順利通過。
環保署並澄清在此次梅姬墜車事件前，蘇花高或蘇花改二案皆無地質影響施工及道路安全問題之質疑。在蘇花高環評審查過程中，從未曾認定開發案有地質安全之疑慮。蘇花改一案，開發單位已說明蒐集蘇花路廊838孔地質鑽探資料，會中環評委員認為相關北迴鐵路隧道開挖所得的地質資料，遠較地質鑽探之點狀資料更加完整，已足供委員會作成決議。故環保團體不理會開發單位或環保署已一再說明本案有完整之地質資料供決策參考，卻一直對外界指稱蘇花改案無視地質安全問題草率迅速通過，實是借提發揮，誤導社會大眾。
而且蘇花公路改善計畫在環評送審前，交通部即以全光譜之改善方案思考本案路線之規劃，並辦理相關諮詢、座談，經參考各界意見後規劃接受度最高之最佳方案。環保署並協助召開兩次諮詢會議及一次預審會議，因此交通部公路總局已掌握民間團體及相關機關的意見，並充分對外界說明，故在99年10月18日第1次初審會時並無重大爭議議題。其後因梅姬颱風造成蘇花公路多處坍方、落石，有多輛遊覽車墜崖或被土石掩埋，奪走多條人命，也讓國人及外國觀光客對蘇花公路的安全產生疑慮及恐懼，環保署基於人道考量、回應民意，加速環評相關行政作業，但蘇花改案環評作業一切仍依法令規定公平、審慎、嚴謹審查，作者僅因風災就影射其後通過的環評即為草率迅速，忽視交通部公路總局及環保署在此之前所作的審查、溝通及努力，顯失公允。
另作者文中指稱先前的開發遭環評遷延數年不決云云，係前述誤解，作者將蘇花高與蘇花改混為一談。蘇花高案經環保署審查有條件通過，於89年6月15日同意備查。民國92年11月交通部國工局依據細部設計結果，擬調整部分路線、交流道位置及工程內容，提出環境影響差異分析報告送環保署審查。另蘇花高速公路自取得目的事業主管機關許可後，逾三年未動工，依據環評法第16條之1規定，應提出環境現況差異分析及對策檢討報告送主管機關審查，交通部國工局爰併案提出「環境現況差異分析及對策檢討報告暨申請變更之環境影響差異分析報告」送審。經召開多次專案小組審查會，97年4月25日經環保署環評委員會決議：「本案與行政院原核定之蘇花高興建計畫內容變動甚大，涉政策之重大變動，是否符合『東部永續發展綱要計畫』及『臺北與東部地區間運輸系統發展政策評估說明書』尚待釐清，且歷次相關環評審查意見亦未具體補充、修正，本案退回開發單位。」因此該案退回係因須釐清是否符合「東部永續發展綱要計畫」及政策環評，而非地質等環境因素之爭議。
蘇花改案於路線規劃時即已考量環境友善因素，過程中亦不斷與居民、意見領袖及團體溝通，環評作業從書件製作、民眾參與及環評委員會之審查，完全依照環評法相關規定，審慎且嚴謹進行。專案小組或環評委員會對於通過本開發案環評審查並無異議，且認定無須進行第二階段環評，可予以附條件通過。環保署完全依法進行相關程序辦理，並作出嚴格要求。