有關詹順貴律師99年7月29日於蘋果日報投書，以「有這般環保署 台灣無望」為題，指控本署「宣示熊熊烈火產生之濃濃黑煙無害」、「替台塑集團背書又不負責任、未與受害民眾站在一起、未求中立」等錯誤言論，已嚴重誣衊本署，本署除將即函請蘋果日報及詹順貴先生澄清其錯誤及抹黑之說明，否則依法追訴，以遏止此類以投書及評論外衣，從事造謠抹黑之實的行為。
「宣示熊熊烈火產生之濃濃黑煙無害」的敘述，查係本次工安事件發生後，台塑發言人對媒體之敘述，本署同仁從未如此發言。詹律師對本署行事及新聞一向極為注意，如此刻意移花接木，必須證明自己不是別有用心。
本署於此事件之積極作為澄清說明如下：本署於事件7月25日晚間發生時，即由本署毒災應變隊回應雲林縣環保局請求，趕赴現場協助了解並因應。本署於7月26日即發布「環保署對台塑六輕本月第二度大火事件要求嚴格處分」之新聞稿，說明環保署到現場的應變隊人員會同雲林縣環保局人員在附近地面初步量測結果，甲基苯乙烯1.4ppm及甲苯1.3ppm，仍低於勞工作業環境空氣中有害物容許濃度標準之50ppm。新聞稿亦已說明事發當時雲林縣環保局亦另於下風處以不鏽鋼採樣瓶進行空氣樣品採樣，分析結果預定一週完成，將作為污染空氣品質之判定及處分依據。本署另發出新聞稿，肯定蘇治芬縣長下令發生工安事件工廠停工之作為。
本署並於7月27日下午再次主動向媒體召開記者會說明，強調本次六輕工安事件對空氣品質確實造成影響，影響程度會依氣象條件及擴散時間等因素而有不同，記者會內容已有媒體登載，本署並於會後提供媒體相關空氣品質監測站資料。
本署於此次事件與雲林縣密切配合並予協助，沈世宏署長除已責成環境督察總隊針對各種可能造成污染之調查給予積極協助外，本署空氣品質測站及雲林縣環保局持續進行空氣品質監控，並適時將正確訊息主動告知民眾，並已函請雲林縣政府啟動公害糾紛調處機制，成立公害糾紛緊急紓處小組，協助農漁受害民眾因公害需求償的工作。
詹順貴律師投書言內容指控本署「宣示熊熊烈火產生之濃濃黑煙無害」、「替台塑集團背書又不負責任、未與受害民眾站在一起、未求中立」等錯誤言論，為子虛烏有之指控，已嚴重影響本署聲譽，本署要求詹順貴先生立即澄清其錯誤及抹黑本署之說法，否則依法追訴其責任，以遏止此類以投書及評論外衣，從事造謠抹黑之實的行為。