有關99年7月31日蘋果日報論壇登載台灣大學職業醫學與工業衛生研究所副教授兼台灣風險分析學會祕書長吳焜裕先生所撰「建制專業毒災應變隊」乙文，首先感謝吳先生提供寶貴建言，將作為政府相關單位與肇事業者處理類似意外事件及研究改善災害應變機制的重要參考。
惟文中『環保署毒災應變隊在下風1公里處檢測到比較低濃度的揮發性有機物應該是合理。只是根據有限的證據就排除毒性化學災害是否合理呢？』內容誤解本署新聞稿，特再澄清：
99年7月25日晚間麥寮工業區台塑煉油廠火災事故，本署毒災應變團隊除於21時15分提供雲林縣救災指揮中心救災處置意見外，並於26日00時50分應雲林縣環保局陳局長請求，前往現場支援，上述偵測儀器所測得數據，主要提供現場相關救災單位作為緊急應變處置參據。而火災事故所在台塑煉油廠，係依本署建置之資料查詢及與現場救災人員確認，該廠並無使用及儲存環保署公告列管之毒性化學物質，火勢亦未波及，為避免引起外界恐慌，99年7月26日環保署新聞稿中「無毒災情形」主要係指本事件非因公告列管之毒性化學物質運作所引起災害事故，因一般火災事故產生巨大火焰及濃煙，救災適用一般之方式，依目測濃煙飄向及落點，進行民眾必要疏散及避免急性危害。而毒性化學物質災害事故，所需調動之機具設備及防護，依毒性化學物質不同而異，故特予釐清。本事故是重油起火燃燒，可能衍生相關環境污染物質，環保單位已收集樣品正積極分析中，待分析結果完成，將作為污染空氣品質之判定及處分依據。
環保署表示，該署於全國北、中、南三區共成立7隊毒災應變隊，係委由中原大學、雲林科技及高雄第一科技大學之學者專家執行，成員均接受專業應變訓練，另委由工研院成立之毒災諮詢中心提供專業技術支援，並協助全國毒性化學物質運作業者推動防救災工作。
另本次事件該署除提供雲林縣政府協助之外，中區督察大隊將持續督導地方政府本案辦理情形。並密切追蹤雲林縣環保局督促六輕確實停工檢查相關污染防制措施，並依空氣污染防制法第83條規定，未來六輕應檢具試車計畫，向雲林縣環保局申請試車，經核准後，始得進行試車；並於試車期限屆滿前，檢具符合排放標準之證明文件，報經雲林縣環保局評鑑合格後，始得恢復操作或復工（業）。